Mexikóvárosban született 1953-ban. Részben egy amerikai indián nővér nevelte, aki segített neki tisztelni hazája őslakosait és történelmüket. Közgazdaságtant tanult a Mexikói Nemzeti Autonóm Egyetemen Mexikóvárosban 1975-ben. Diákként Vidékfejlesztési projektekre küldték dolgozni, ez a tapasztalat megerősítette érdeklődését a politikai és társadalmi aktivizmus iránt.
1977-ben Chagoya és első felesége kivándorolt az Egyesült Államokba, ahol szabadúszó illusztrátorként és grafikusként dolgozott, majd 1977-ben egy ideig Texasban mezőgazdasági munkásokkal dolgozott. 1984-ben BFA-t szerzett a San Francisco Művészeti Intézetben, 1987-ben pedig MFA-t a Berkeley-i Kaliforniai Egyetemen. San Franciscóban él, ahol a Paule Anglim Galériában is bemutatkozik, és művészetet tanít a Stanford Egyetemen, ahol 1998-ban megkapta a dékán Bölcsészettudományi díját.
munkáit a Santa Barbara Művészeti Múzeum, a Honolulu Művészeti Múzeum, a Los Angeles Megyei Művészeti Múzeum, a Metropolitan Művészeti Múzeum (New York City), di Rosa, A Modern Művészetek Múzeuma (New York City), az amerikai Nemzeti Művészeti Múzeum (Washington, D. C.), A New York-i Nyilvános Könyvtár, a San Jose Művészeti Múzeum (San Jose, Kalifornia), a Chicagói Művészeti Intézet, Arkansas Művészeti Központ (Little Rock, Arkansas), a Whitney Amerikai Művészeti Múzeum, a Williams College Művészeti Múzeum (Wcma) Williamstownban, Massachusettsben, valamint a San Francisco Képzőművészeti múzeumai.
ellentmondásos alkotása, a” The Misadventures of the Romantic Cannibals “(a romantikus kannibálok tévedései), amely Jézust és esetleg más vallási személyiségeket ábrázol, kétértelmű szexuális tartalommal összefüggésben, része a 10 művészből álló kiállításnak, melynek címe:” A Bud Shark legendája és kitörölhetetlen tintája”, amely egy Városi Művészeti Múzeumban látható Loveland, Colorado. A Loveland-i kiállítás egyik példánya, az 30 litográfiák korlátozott kiadása, egy nő megsemmisítette a feszítővasat október 6, 2010. A művész szerint a mű a katolikus kommentár szex visszaélés esetek. A nő van beállítva, hogy menjen a bíróság október 15-én, 2010.