han föddes i Mexico City 1953. Han uppfostrades delvis av en amerikansk sjuksköterska som hjälpte honom att respektera ursprungsbefolkningen i sitt land och deras historia. Han studerade ekonomi vid National Autonomous University of Mexico I Mexico City 1975. Som student skickades han till arbetet med landsbygdsutvecklingsprojekt, en upplevelse som stärkte hans intresse för politisk och social aktivism.
1977 emigrerade Chagoya och hans första fru till USA, där han arbetade som frilansillustratör och grafisk formgivare och under en tid 1977 med lantarbetare i Texas. 1984 fick han en BFA vid San Francisco Art Institute och 1987 en MFA vid University of California i Berkeley. Han bor i San Francisco där han också visar på Galleri Paule Anglim och undervisar konst vid Stanford University, där han fick dekanens pris i humaniora 1998.
hans verk hålls i samlingarna av Santa Barbara Museum of Art, Honolulu Museum of Art, Los Angeles County Museum of Art, Metropolitan Museum of Art (New York City), di Rosa, Museum of Modern Art (New York City), National Museum of American Art (Washington, D. C.), New York Public Library, San Jose Museum of Art (San Jose, Kalifornien), Art Institute of Chicago, Arkansas Arts Center (Little Rock, Arkansas), Whitney Museum of American Art, Williams College Museum of Art (WCMA) i Williamstown, Massachusetts, och konstmuseerna i San Francisco.
hans kontroversiella konstverk ”the Misadventures of the Romantic Cannibals”, som skildrar Jesus, och eventuellt andra religiösa figurer, i ett sammanhang av tvetydigt sexuellt innehåll, är en del av 10-konstnärsutställningen ”The Legend of Bud Shark and His outplånlig bläck” som visas i ett stadsdrivet konstmuseum i Loveland, Colorado. Kopian på utställningen i Loveland, en av en begränsad upplaga av 30 litografier, förstördes av en kvinna med en kofot den 6 oktober 2010. Enligt konstnären är verket en kommentar till katolska sexuella övergrepp fall. Kvinnan kommer att gå till domstol den 15 oktober 2010.