s-a născut în Mexico City în 1953. El a fost parțial crescut de o asistentă Amerindiană care l-a ajutat să respecte indigenii din țara sa și istoria lor. A studiat economia la Universitatea Națională Autonomă din Mexic în Mexico City în 1975. Ca student, a fost trimis să lucreze la proiecte de dezvoltare rurală, o experiență care i-a întărit interesul pentru activismul politic și social.
în 1977, Chagoya și prima sa soție au emigrat în Statele Unite, unde a lucrat ca ilustrator și designer grafic și pentru o vreme, în 1977, cu muncitori agricoli din Texas. În 1984, a obținut un BFA la Institutul de Artă din San Francisco și în 1987 un MFA la Universitatea din California la Berkeley. Locuiește în San Francisco, unde arată și la Galeria Paule Anglim și predă artă la Universitatea Stanford, unde a primit Premiul decanului în științe Umaniste în 1998.
lucrările sale se desfășoară în colecțiile Muzeului de artă Santa Barbara, Muzeul de artă Honolulu, Muzeul de Artă al Județului Los Angeles, Muzeul Metropolitan de artă (New York), di Rosa, Muzeul de Artă Modernă (New York), Muzeul Național de Artă Americană (Washington, D. C.), Biblioteca Publică din New York, Muzeul de artă San Jose (San Jose, California), Institutul de Artă din Chicago, Centrul de Arte Arkansas (Little Rock, Arkansas), Muzeul de Artă Americană Whitney, Muzeul de artă Williams College (WCMA) în Williamstown, Massachusetts și muzeele de Arte Plastice din San Francisco.
controversata sa lucrare „aventurile canibalilor romantici”, care îl înfățișează pe Isus și, eventual, alte figuri religioase, într-un context de conținut sexual ambiguu, face parte din expoziția de 10 artiști numită „Legenda rechinului Bud și cerneala sa de neșters”, care este expusă într-un muzeu de artă administrat de oraș în Loveland, Colorado. Copia expusă în Loveland, una dintr-o ediție limitată de 30 de litografii, a fost distrusă de o femeie care mânuia o rangă pe 6 octombrie 2010. Potrivit artistului, lucrarea este un comentariu asupra cazurilor de abuz sexual catolic. Femeia urmează să meargă în instanță pe 15 octombrie 2010.