Er wurde 1953 in Mexiko-Stadt geboren. Er wurde teilweise von einer indianischen Krankenschwester erzogen, die ihm half, die Ureinwohner seines Landes und ihre Geschichte zu respektieren. Er studierte Wirtschaftswissenschaften an der Nationalen Autonomen Universität von Mexiko in Mexiko-Stadt im Jahr 1975. Als Student wurde er geschickt, um an ländlichen Entwicklungsprojekten zu arbeiten, eine Erfahrung, die sein Interesse an politischem und sozialem Aktivismus stärkte.
1977 emigrierte Chagoya mit seiner ersten Frau in die Vereinigten Staaten, wo er als freiberuflicher Illustrator und Grafikdesigner und 1977 zeitweise bei Landarbeitern in Texas arbeitete. 1984 erwarb er einen BFA am San Francisco Art Institute und 1987 einen MFA an der University of California in Berkeley. Er lebt in San Francisco, wo er auch in der Galerie Paule Anglim zeigt und Kunst an der Stanford University lehrt, wo er 1998 den Dean’s Award in den Geisteswissenschaften erhielt.
Seine Werke befinden sich in den Sammlungen des Santa Barbara Museum of Art, des Honolulu Museum of Art, des Los Angeles County Museum of Art, des Metropolitan Museum of Art (New York City), di Rosa, des Museum of Modern Art (New York City), des National Museum of American Art (Washington, D. C.), die New York Public Library, das San Jose Museum of Art (San Jose, Kalifornien), das Art Institute of Chicago, das Arkansas Arts Center (Little Rock, Arkansas), das Whitney Museum of American Art, das Williams College Museum of Art (WCMA) in Williamstown, Massachusetts, und die Kunstmuseen von San Francisco.
Sein kontroverses Kunstwerk „The Misadventures of the Romantic Cannibals“, das Jesus und möglicherweise andere religiöse Figuren in einem Kontext mehrdeutigen sexuellen Inhalts darstellt, ist Teil der 10-Künstlerausstellung „The Legend of Bud Shark and His Indelible Ink“, die in einem städtischen Kunstmuseum in Loveland, Colorado, ausgestellt ist. Die in Loveland ausgestellte Kopie einer limitierten Auflage von 30 Lithografien wurde am 6. Oktober 2010 von einer Frau mit Brechstange zerstört. Laut dem Künstler ist die Arbeit ein Kommentar zu den katholischen Fällen von sexuellem Missbrauch. Die Frau soll am 15.Oktober 2010 vor Gericht erscheinen.