han ble født I Mexico By i 1953. Han ble delvis oppdratt av En amerindisk sykepleier som hjalp ham til å respektere urbefolkningen i sitt land og deres historie. Han studerte økonomi ved National Autonomous University Of Mexico I Mexico City i 1975. Som student ble han sendt for å jobbe med bygdeutviklingsprosjekter, en opplevelse som styrket hans interesse for politisk og sosial aktivisme.
I 1977 emigrerte Chagoya og hans første kone til Usa, hvor Han jobbet som frilans illustratør og grafisk designer og for en tid, i 1977, med gårdsarbeidere i Texas. I 1984 tok han EN BFA ved San Francisco Art Institute og I 1987 EN MFA ved University Of California I Berkeley. Han bor I San Francisco hvor han også viser På Gallery Paule Anglim og lærer kunst Ved Stanford University, hvor han mottok Dean ‘ S Award i Humaniora i 1998.
hans arbeider er holdt i samlingene Til Santa Barbara Museum Of Art, Honolulu Museum Of Art, Los Angeles County Museum Of Art, Metropolitan Museum Of Art (New York City), Di Rosa, Museum Of Modern Art (New York City), National Museum Of American Art (Washington, D. C.), New York Public Library, San Jose Museum Of Art (San Jose, California), Art Institute Of Chicago, Arkansas Arts Center (Little Rock, Arkansas), Whitney Museum Of American Art, Williams College Museum Of Art (WCMA) I Williamstown, Massachusetts, Og Kunstmuseene I San Francisco.
hans kontroversielle kunstverk «The Misadventures Of The Romantic Cannibals», som skildrer Jesus, og muligens andre religiøse figurer, i en kontekst av tvetydig seksuelt innhold, er en del av 10-kunstnerutstilling kalt» The Legend Of Bud Shark and His Uutslettelig Ink » som er utstilt i et bydrevet kunstmuseum I Loveland, Colorado. Kopien på utstillingen I Loveland, en av en begrenset utgave av 30 litografier, ble ødelagt av en kvinne som hadde en brekkjern 6. oktober 2010. Ifølge kunstneren er arbeidet en kommentar til De Katolske sexovergrepene. Kvinnen er satt til å gå til retten 15. oktober 2010.