Con la mayoría de las plantas leñosas, las colonias clonales surgen por raíces de gran alcance que a intervalos envían nuevos brotes, denominados retoños. Los árboles y arbustos con ramas que tienden a doblarse y descansar en el suelo, o que poseen la capacidad de formar raíces aéreas, pueden formar colonias a través de capas o enraizamiento aéreo, por ejemplo, sauce, mora, higo y banyan. Algunas vides forman naturalmente raíces adventicias en sus tallos que echan raíces en el suelo cuando los tallos entran en contacto con el suelo, por ejemplo, la hiedra y la vid trompeta. Con otras vides, el enraizamiento del tallo donde los nudos entran en contacto con el suelo puede establecer una colonia clonal, por ejemplo, glicinas. Helechos y muchas plantas herbáceas con flores a menudo forman colonias clonales a través de tallos subterráneos horizontales denominados rizomas, por ejemplo, helecho avestruz Matteuccia struthiopteris y vara de oro. Una serie de plantas herbáceas con flores forman colonias clonales a través de tallos superficiales horizontales denominados estolones, o estolones; por ejemplo, fresa y muchas hierbas. Las plantas no leñosas con órganos de almacenamiento subterráneos, como bulbos y cormos, también pueden formar colonias, por ejemplo, Narcisos y Azafrán. Algunas especies de plantas pueden formar colonias a través de plántulas adventicias que se forman en las hojas, por ejemplo, Kalanchoe daigremontiana y Tolmiea menziesii. Algunas especies de plantas pueden formar colonias a través de semillas asexuales, llamadas apomixis, por ejemplo, diente de león.