Bei den meisten Gehölzen entstehen klonale Kolonien durch weitreichende Wurzeln, die in Abständen neue Triebe, sogenannte Saugnäpfe, aussenden. Bäume und Sträucher mit Zweigen, die dazu neigen, sich zu biegen und auf dem Boden zu ruhen, oder die die Fähigkeit besitzen, Luftwurzeln zu bilden, können Kolonien durch Schichtung oder Luftwurzelung bilden, z. B. Weide, Brombeere, Feige und Banyan. Einige Reben bilden auf natürliche Weise Adventivwurzeln an ihren Stielen, die im Boden Wurzeln schlagen, wenn die Stiele den Boden berühren, z. B. Efeu und Trompetenrebe. Bei anderen Reben kann die Bewurzelung des Stammes, wo Knoten mit dem Boden in Kontakt kommen, eine klonale Kolonie bilden, z. Glyzinien. Farne und viele krautige Blütenpflanzen bilden oft klonale Kolonien über horizontale unterirdische Stängel, die als Rhizome bezeichnet werden, z. Straußenfarn Matteuccia struthiopteris und Goldrute. Eine Reihe von krautigen Blütenpflanzen bilden klonale Kolonien über horizontale Oberflächenstängel, die als Stolonen oder Läufer bezeichnet werden; zB Erdbeere und viele Gräser. Auch nicht-holzige Pflanzen mit unterirdischen Speicherorganen wie Zwiebeln und Knollen können Kolonien bilden, z.B. Narzissen und Krokus. Einige Pflanzenarten können Kolonien über zufällige Pflänzchen bilden, die sich auf Blättern bilden, z. B. Kalanchoe daigremontiana und Tolmiea menziesii. Einige Pflanzenarten können Kolonien über asexuelle Samen bilden, die als Apomixis bezeichnet werden, z. Löwenzahn.