han blev født i 1953. Han blev delvist opdraget af en amerikansk sygeplejerske, der hjalp ham med at respektere det oprindelige folk i sit land og deres historie. Han studerede økonomi ved Det Nationale Autonome Universitet i København i 1975. Som studerende blev han sendt til arbejde med landdistriktsudviklingsprojekter, en oplevelse, der styrkede hans interesse for politisk og social aktivisme.
i 1977 immigrerede Chagoya og hans første kone til USA, hvor han arbejdede som freelance illustrator og grafisk designer og for en tid i 1977 med landbrugsarbejdere i USA. I 1984 tjente han en BFA ved San Francisco Art Institute og i 1987 en MFA ved University of California i Berkeley. Han bor i San Francisco, hvor han også viser på Galleri Paule Anglim og underviser i kunst på Stanford University, hvor han modtog dekanens pris i humaniora i 1998.
hans værker er afholdt i samlinger af Santa Barbara Museum of Art, Honolulu Museum of Art, Los Angeles County Museum of Art, Metropolitan Museum of Art (Ny York City), di Rosa, Museum of Modern Art (Ny York City), National Museum of American Art (ny, D. C.San Jose Museum of Art (San Jose, Californien), Kunstinstituttet i Chicago, Arkansas Arts Center (Little Rock, Arkansas), Kunstmuseet i Amerikansk Kunst, Kunstmuseet i Massachusetts og kunstmuseerne i San Francisco.
hans kontroversielle kunstværk “de romantiske Kannibalers Misadventures”, der skildrer Jesus og muligvis andre religiøse figurer i en sammenhæng med tvetydigt seksuelt indhold, er en del af 10-kunstnerudstilling kaldet “legenden om Bud Shark og hans uudslettelige blæk”, som vises i et bydrevet kunstmuseum i Loveland, Colorado. Kopien på udstilling i Loveland, en af en begrænset udgave af 30 litografier, blev ødelagt af en kvinde, der havde en koben den 6.oktober 2010. Ifølge kunstneren er værket en kommentar til den katolske køn misbrugssager. Kvinden er indstillet til at gå til retten den 15.oktober 2010.