com a maioria das plantas lenhosas, colônias clonais surgem por raízes de grande alcance que em intervalos enviam novos brotos, denominados suckers. Árvores e arbustos com ramos que tendem a dobrar-se e o resto no chão, ou que possuem a capacidade de formar raízes aéreas podem formar colônias através de camadas, ou aéreos de enraizamento, e. g. salgueiro, amora, figo, e banyan. Algumas vinhas formam naturalmente raízes adventícias nos seus caules que se enraizam no solo quando os caules entram em contacto com o solo, por exemplo, a hera e a videira de trompete. Com outras vinhas, enraizar o caule onde os nós entram em contacto com o solo pode estabelecer uma colónia clonal, por exemplo, Wisteria. Fetos e muitas plantas com flor herbáceas muitas vezes formam colônias clonais através de caules subterrâneos horizontais denominados rizomas, como o Samambaia ostrich Fern Matteuccia struthiopteris e goldenrod. Um número de plantas herbáceas de flor formam colônias clonais através de hastes horizontais de superfície denominados stolons, ou corredores; por exemplo, morango e muitas gramíneas. As plantas não lenhosas com órgãos subterrâneos de armazenamento, tais como bolbos e corms, também podem formar colónias, por exemplo, Narciso e Crocus. Algumas espécies de plantas podem formar colônias através de plântulas adventícias que se formam em folhas, como Kalanchoe daigremontiana e Tolmiea menziesii. Algumas espécies de plantas podem formar colônias através de sementes assexuadas, denominadas apomixis, por exemplo, dente-de-leão.