Con la maggior parte delle piante legnose, le colonie clonali nascono da radici ad ampio raggio che a intervalli inviano nuovi germogli, chiamati polloni. Alberi e arbusti con rami che possono tendere a piegarsi e riposare sul terreno, o che possiedono la capacità di formare radici aeree possono formare colonie tramite stratificazione o radicazione aerea, ad esempio salice, mora, fico e banyan. Alcune viti formano naturalmente radici avventizie sui loro steli che attecchiscono nel terreno quando i gambi entrano in contatto con il terreno, ad esempio edera e vite di tromba. Con altre viti, il radicamento del gambo dove i nodi entrano in contatto con il terreno può stabilire una colonia clonale, ad esempio Glicine. Felci e molte piante erbacee da fiore spesso formano colonie clonali tramite steli sotterranei orizzontali chiamati rizomi, ad esempio felce di struzzo Matteuccia struthiopteris e verga d’oro. Un certo numero di piante da fiore erbacee formano colonie clonali tramite steli superficiali orizzontali chiamati stoloni, o corridori; ad esempio fragola e molte erbe. Le piante non legnose con organi di stoccaggio sotterranei come bulbi e cormi possono anche formare colonie, ad esempio Narcisi e croco. Alcune specie vegetali possono formare colonie tramite plantule avventizie che si formano sulle foglie, ad esempio Kalanchoe daigremontiana e Tolmiea menziesii. Alcune specie di piante possono formare colonie tramite semi asessuati, chiamati apomissi, ad esempio tarassaco.