Cherokee-sota 1839 oli cherokee -, Kickapoo-ja Shawnee-intiaanien ja Koillis-Texasin valkoisten uudisasukkaiden välisen kitkan huipentuma. Intiaaneille, jotka olivat saaneet maanvaltaajien oikeudet Espanjan viranomaisilta, luvattiin maan omistusoikeus neuvottelemalla; ja 23. helmikuuta 1836 väliaikaishallitusta edustaneiden Sam Houstonin ja John Forbesin tekemä sopimus antoi omistusoikeuden Angelina-ja Sabinejokien välisille maille ja vanhan San Antonion tien luoteispuolelle Cherokeille ja niihin liittyville yhtyeille. Texasin senaatti esitti sopimuksen 29. joulukuuta 1836, ja se julistettiin mitättömäksi 16.joulukuuta 1837 Houstonin vaatimuksesta huolimatta. Córdovan kapina elokuussa 1838 sai Thomas Jefferson Ruskin marssimaan Cherokeilla yrittäessään pysäyttää Vicente Córdovan; Córdova ei kuitenkaan hakenut suojaa cherokeiden keskuudesta, ja Rusk palasi siirtokuntiin. Lokakuuta 1838 Rusk ajoi 230 sotilaan kanssa takaa Kickapoos-joukkoa, tuhosi heidän kylänsä ja tappoi yksitoista soturia, joista yksi oli luopio Cherokee. Intiaanit tekivät satunnaisia ryöstöretkiä syksyllä 1838 ja keväällä 1839.
toukokuussa 1839 Manuel Floresin hallussa olleen kirjeen löydettyä presidentti Mirabeau B. Lamar päätti yleisen mielipiteen tukemana karkottaa Itä-Texasin intiaanit. Heinäkuussa 1839 Kelsey H. Douglass sai komentoonsa noin 500 sotilasta Edward burlesonin, Willis H. Landrumin ja Ruskin johdolla ja sai käskyn siirtää intiaanit Arkansasin alueelle. Armeija leiriytyi Council Creekiin, kuusi mailia etelään Chief Bowlin tärkeästä Cherokee-kylästä ja lähetti 12. heinäkuuta komission neuvottelemaan intiaanien siirtämisestä pois. Intiaanit suostuivat allekirjoittamaan siirtosopimuksen, joka takasi heille sadon tuoton ja maasta poistamisen kustannukset. Seuraavien kahden päivän aikana he väittivät olevansa halukkaita lähtemään, mutta kieltäytyivät allekirjoittamasta sopimusta, koska heillä oli pykälä, joka antaisi heille aseistetun saattueen pois tasavallasta. Heinäkuun 15. päivänä komissaarit kertoivat intiaaneille, että texasilaiset marssisivat välittömästi heidän kyläänsä ja että sopimuksen hyväksymisen haluavien tulisi pitää esillä valkoista lippua. Landrum lähetettiin Nechesin yli katkaisemaan mahdolliset lisäjoukot, ja loput armeijasta marssivat kylään. Nechesin taistelu käytiin muutama kilometri Tylerista länteen nykyisen Hendersonin piirikunnan alueella. Auringonlaskuun mennessä kolme texasilaista oli saanut surmansa ja viisi haavoittunut; intiaanit olivat menettäneet kahdeksantoista. Intiaanit pakenivat ja Douglass leiriytyi. Takaa-ajo aloitettiin aamulla 16.heinäkuuta. James Carterin johtama tiedustelupartio kohtasi cherokeet lähellä Neches-joen alkulähteillä Van Zandtin piirikunnassa. Intiaanit etsivät suojaa majasta ja sitä ympäröiviltä maissipelloilta, mutta joutuivat hylkäämään ne Carterin saatua vahvistusta Ruskin ja Burlesonin saapuessa. Puolen tunnin taistelun jälkeen intiaanit pakotettiin Nechesin pohjalle, jossa Chief Bowl sai surmansa ja useita sotureita menetettiin. Viimeisimpien Grand Salinen lähellä käytyjen taistelujen jälkeen arviolta yli 100 intiaania oli saanut surmansa tai haavoittunut taisteluissa.
Heinäkuun 21.päivänä texasilaiset marssivat kohti Sabinejoen alkulähteillä pakenevien intiaanien valtaamaa reittiä. Tuona iltapäivänä tuhottiin lukuisia majoja ja peltoja, ja heinäkuun 22.päivän aamuna poltettiin useita kyliä ja yli 200 eekkeriä maissia. Tuho jatkui intiaanien takaa-ajon aikana, josta luovuttiin vasta heinäkuun 24. Suurin osa intiaaneista pakeni cherokeiden maille tasavallan ulkopuolelle. Talven aikana pieni ryhmä päällikkö Eggin ja John Bowlesin, Chief Bowlin pojan, johdolla yritti päästä Meksikoon kiertämällä valkoisten asutuskeskusten reunoja. Burleson, joka oli sotaretkellä Tasankointiaaneja vastaan, pysäytti cherokeet ja hyökkäsi heidän kimppuunsa lähellä San Saba-joen suuta 25.joulukuuta 1839. Egg ja Bowles sekä useita sotureita surmattiin, ja 27 naista ja lasta vangittiin. Tämä oli viimeinen merkittävä teko Cherokeita vastaan Texasissa.