Mahoney kuului Irlannin munkkien ritarikunnan provinssiin ja vietti osan vuodesta 1676 St Isidore ’ s Collegessa Roomassa, provinssin päämajassa maanpaossa. Yrittäessään palata Irlantiin mantereelta, jossa hänet oli vihitty katoliseksi papiksi, hän haaksirikkoutui ja rantautui Walesiin. Hänet pidätettiin vuonna 1678 ja vangittiin Denbigh ’ ssa. Hän joutui seuraavana vuonna oikeuteen Ruthinissa Pohjois-Walesissa, jossa hänet tuomittiin ja hirtettiin.
asiakirjatodisteet ovat vähäisiä. British Museumilla on kopio yhdestä lakanasta nimeltä kolmen uskonnon vuoksi teloitetun papin viimeiset puheet, Anno Domini 1679, josta on tehty seuraava transkriptio:-
Charles Mahoney, Irlantilainen Pyhän Franciscus-ritarikunnan pappi, joka teloitettiin Ruthinissa Pohjois-Walesissa 12.elokuuta 1679. Nyt Kaikkivaltias Jumala on tyytyväinen, että kärsin marttyyrikuoleman, hänen pyhää nimeään ylistetään, koska värjään uskontoni vuoksi. Mutta teillä ei ole oikeutta tappaa minua tässä maassa, vaikka tunnustin olevani pappi, sillä te otitte minut kiinni, kun olin menossa Synnyinmaahani Irlantiin, kun minut ajettiin merellä tällä rannikolla, sillä en koskaan käyttänyt tehtävääni Englannissa ennen kuin minut vietiin, kuinka Jumala antakoon teille anteeksi, kuten minä teen ja tulen aina rukoilemaan teidän puolestanne, erityisesti niiden puolesta, jotka olivat niin hyviä minulle ahdingossani, rukoilen Jumalaa siunaamaan Kuningastamme ja puolustamaan häntä hänen vihollisiltaan, ja käännyttämään hänet Pyhään katoliseen uskoon, Aamen. Hänen ikänsä oli alle neljäkymmentä, hänet tryed ja tuomittu Denby tunnustautuu papiksi.