Claudine sind tetraspanische Transmembranproteine mit engen Verbindungen. Sie bestimmen die Barriereeigenschaften eines solchen Zell-Zell-Kontakts zwischen den Plasmamembranen zweier benachbarter Zellen, wie er beispielsweise in Endothelien oder Epithelien auftritt. Claudine können den parazellulären Spalt für gelöste Stoffe vollständig straffen und parazelluläre Ionenporen bilden. Es wird angenommen, dass die extrazellulären Schleifen diese Claudin-Funktionen spezifizieren. Es wird angenommen, dass die größere erste extrazelluläre Schleife entscheidend für die Bestimmung der parazellulären Dichtigkeit und der selektiven Ionenpermeabilität ist. Die kürzere zweite extrazelluläre Schleife kann eine Verengung des parazellulären Spalts verursachen und eine Haltefunktion zwischen den gegenüberliegenden Zellmembranen haben. Die Sequenzanalyse von Claudinen hat zur Differenzierung in zwei Gruppen geführt, die als klassische Claudine bezeichnet werden (1-10, 14, 15, 17, 19) und nicht-klassische Claudins (11-13, 16, 18, 20-24), entsprechend ihrem Grad der Sequenzähnlichkeit. Dies spiegelt sich auch in den abgeleiteten Sequenz-Struktur-Funktionsbeziehungen für extrazelluläre Schleifen 1 und 2 wider. Die daraus entwickelten Konzepte und ersten vorläufigen molekularen Modelle für homophile Wechselwirkungen können den unterschiedlichen funktionellen Beitrag der beiden extrazellulären Schleifen an Tight Junctions erklären.