Chez la plupart des plantes ligneuses, les colonies clonales apparaissent par des racines à grande échelle qui, à intervalles réguliers, envoient de nouvelles pousses, appelées drageons. Les arbres et arbustes dont les branches peuvent avoir tendance à se plier et à reposer sur le sol, ou qui possèdent la capacité de former des racines aériennes peuvent former des colonies par superposition ou enracinement aérien, par exemple le saule, la mûre, le figuier et le banian. Certaines vignes forment naturellement des racines adventives sur leurs tiges qui prennent racine dans le sol lorsque les tiges entrent en contact avec le sol, par exemple le lierre et la vigne trompette. Avec d’autres vignes, l’enracinement de la tige où les nœuds entrent en contact avec le sol peut établir une colonie clonale, par exemple la glycine. Les fougères et de nombreuses plantes à fleurs herbacées forment souvent des colonies clonales via des tiges souterraines horizontales appelées rhizomes, par exemple la fougère d’autruche Matteuccia struthiopteris et la verge d’or. Un certain nombre de plantes à fleurs herbacées forment des colonies clonales via des tiges de surface horizontales appelées stolons, ou coureurs; par exemple, la fraise et de nombreuses herbes. Les plantes non ligneuses avec des organes de stockage souterrains tels que les bulbes et les bulbes peuvent également former des colonies, par exemple des narcisses et des crocus. Quelques espèces végétales peuvent former des colonies via des plantules adventives qui se forment sur les feuilles, par exemple Kalanchoe daigremontiana et Tolmiea menziesii. Quelques espèces végétales peuvent former des colonies via des graines asexuées, appelées apomixes, par exemple le pissenlit.