osana Jaltan Konferenssisopimuksia Mongoliassa pidettiin lokakuussa 1945 Yhdistyneiden Kansakuntien (YK) suojeluksessa kansanäänestys, jossa enemmistö äänesti itsenäisyyden puolesta autonomian sijaan. Kiinan tasavalta tunnusti Mongolian tammikuussa 1946, ja maat solmivat ystävyyssopimuksen helmikuussa. Kesäkuussa 1946 Mongolia teki ensimmäisen useista epäonnistuneista hakemuksista liittyä YK: hon. Samaan aikaan Mongolia tunnusti Kiinan kansantasavallan tämän julistuksesta vuonna 1949 ja solmi diplomaattisuhteet Pohjois-Koreaan (1948), Neuvostoliiton itä-ja Keski-Euroopan satelliittimaihin (1950) ja Intiaan (1955). Mongolia pääsi YK: n jäseneksi vuonna 1961, ja vuonna 1963 Yhdistyneestä kuningaskunnasta tuli ensimmäinen länsimaa, joka solmi suhteet Mongoliaan.
1950-luku oli poliittisen murroksen ja taloudellisen edistyksen aikaa. Tšoibalsan kuoli vuonna 1952 moskovalaisessa sairaalassa, ja tsedenbal nimitettiin puheenjohtajaksi (ts., vastaa pääministeriä) ministerineuvoston (toimeenpanovallan ylin elin. Vuonna 1954 MPRP: n pääsihteeri Tsedenbal syrjäytti MPRP: n ensimmäiseksi sihteeriksi nimitetyn Dashiin Damban, mutta vuonna 1958 Tsedenbal otti puolueen uudelleen hallintaansa—myös ensimmäisenä sihteerinä—ja erotti damban ideologisin perustein. Karjanhoidon kollektivisointi saatiin päätökseen 1950-luvulla, kun karjanhoitajat joutuivat luovuttamaan muutamia lukuun ottamatta kaikki eläimensä suurille osuustiloille (negdel). Mongolien ja neuvostoliittolaisten yhdessä rakentama ja vuonna 1955 valmistunut Trans—Mongolian rautatie kulki Mongolian halki pohjoisesta etelään ja toimi Neuvostoliiton ja Kiinan solidaarisuuden symbolina, mutta se rakennettiin käyttäen Neuvostoliiton leveää raideleveyttä Kiinassa käytetyn vakioraideleveyden sijaan. Vuonna 1958 Mongolia alkoi käydä Comeconin kokouksissa ja liittyi järjestöön vuonna 1962.
Mongolia ja Kiina allekirjoittivat vuonna 1960 ystävyyden ja keskinäisen avunannon sopimuksen, ja maat jakoivat sovinnollisesti keskenään pitkän rajan. Neuvostoliiton ja Kiinan välille kehittynyt ideologinen kiista kommunistisen liikkeen yhtenäisyydestä ja johtajuudesta kuitenkin kiristi Mongolian suhteita Kiinaan. Kiina arvosteli ankarasti Neuvostoliittoa siitä, että se hoiti lokakuussa 1962 Kuuban ohjuskriisin Yhdysvaltojen kanssa, ja kaksi vuotta myöhemmin se teki ensimmäisen atomipommikokeensa—vallitsevat tuulet kuljettivat radioaktiivista laskeumaa pohjoiseen Mongolian alueelle. Tammikuussa 1966 Mongolia ja Neuvostoliitto allekirjoittivat uuden ystävyys -, yhteistyö-ja avunantosopimuksen, joka sisälsi salaisia pöytäkirjoja, joiden mukaan Neuvostoliitto saattoi sijoittaa joukkoja, lentokoneita ja ohjuksia Mongoliaan. Kiinan ja Neuvostoliiton suhteet huononivat entisestään niiden joukkojen yhteenottojen seurauksena niiden rajalla Ussuri (Wusuli) – joella maaliskuussa 1969. Samaan aikaan Kiinan johtaja Mao Zedong oli käynnistänyt kulttuurivallankumouksena tunnetun liikkeen (1966-76), jonka aikana erityisesti sisä-mongolian mongolit kärsivät huomattavasti.
vuonna 1949 MPRP oli tuominnut Mongolian historian opetuksen väittäen ”porvarillisen nationalistisen” näkemyksen omaavien ylistävän Tšingis-kaanin valloituksia ja Mongolian ”feodaalista” menneisyyttä puolueen saavutusten ja Mongolian vallankumouksen kustannuksella. Tsingis-kaanin syntymän 800-vuotisjuhlan lähestyessä vuonna 1962 puolue päätti kuitenkin järjestää sen kunniaksi juhlia, joihin kuului uuden muistomerkin paljastaminen hänelle, puheiden pitäminen ja muistopostimerkkien julkaiseminen. Neuvostokritiikin leimattua Tšingiksen ”taantumukselliseksi”, jonka” tataarilais-Mongolilainen ies ” oli tuhonnut Venäjän, Mongolia kuitenkin perui juhlat nopeasti ja veti postimerkit pois. Seurasi uusi MPRP-arvio Tšingis-kaanista, joka myös piti häntä taantumuksellisena ja joka katsoi hänen vain yhdistäneen Mongoliheimot. Tästä linjasta poikkeamista pidettiin ei-toivottuna kansallismielisyyden edistämisenä, eikä sitä suvaittu. Tämä politiikka tukahdutti lähes kaiken keskustelun Tšingis-kaanista ja Mongolinationalismista seuraavien 40 vuoden ajaksi.
Mongolian ja Kiinan väliset jännitteet kärjistyivät koko 1970-luvun ajan. Mongolia syytti Kiinaa siitä, että se halusi liittää Mongolian itseensä ja perusteli aluevaatimuksiaan Mongolian alueella nostamalla Tšingis-kaanin Yuan-dynastian keisariksi. Kiina vastasi omissa 800-vuotisjuhlissaan arvostelemalla Neuvostoliittoa Mongolian” miehittämisestä ” sijoittamalla sinne joukkoja ja sotakalustoa. Huhtikuussa 1978 Kiina vaati Neuvostoliiton vetäytymistä Mongoliasta, ja pääministeri Tsedenbal vieraili pikaisesti Mongoliaan sijoitetussa neuvostoarmeijan yksikössä kiittämässä sitä maan suojelemisesta Kiinan ”uhkaa vastaan.”Mongolia alkoi karkottaa kiinalaisia siirtolaisia vuoden 1979 alussa syyttäen heitä ”ekspansionistisista juonitteluista”, mikä lisäsi entisestään epäluottamusta maiden välillä. Jännitteet alueella helpottuivat huomattavasti 1980-luvun puolivälissä, kun Neuvostoliiton ja Mongolian johtajat ryhtyivät normalisoimaan suhteita Kiinaan. Diplomaattisuhteet Mongolian ja Kiinan välille palautettiin vuonna 1986.