Identifying the climate living relative(s) of tetrapods is an important, mutta vielä kiistanalainen kysymys selkärankaisten fylogenetiikassa. Kolme hypoteesia ovat mahdollisia ja vaihtoehtojen poissulkeminen on osoittautunut vaikeaksi jopa suurten molekyylitietojen avulla johtuen heikosta fylogeneettisestä signaalista, joka on kytketty nonfylogeneettiseen kohinaan, joka johtuu suhteellisen nopeista lajiutumistapahtumista, jotka tapahtuivat kauan sitten (400 Ma). Tässä tarkastellaan uudelleen maan selkärankaisten lähimmän elävän sukulaisen henkilöllisyyttä fylogenomisesta näkökulmasta ja sisällytetään uusia genomitietoja kaikista olemassa olevista lungfish-suvuista. RNA-seq osoittautuu loistavaksi vaihtoehdoksi genomisekvenssille, joka ei tällä hetkellä ole teknisesti toteutettavissa lungfisheissä niiden valtavien (50-130 Gb) ja toistuvien genomien vuoksi. Tutkimme tärkeimpiä systemaattisen virheen lähteitä, eli long-branch attraction (LBA), kompositionaalinen heterogeenisuus ja puuttuvien tietojen jakelu ja sovellimme erilaisia korjaustekniikoita. Monilajinen koalitio lähestymistapa käytetään selittämään syvä koalitio, joka voi tulla lyhyt ja syvä internodes erottaa varhainen sarcopterygian splittejä. Konsatenaatiomenetelmät suosivat lungfishejä tetrapodien lähimpinä elävinä sukulaisina, joilla oli vahva tilastollinen tuki. Aminohappoprofiilisekoitemallit voivat yksiselitteisesti ratkaista tämän vaikean internoden, koska ne pystyvät välttämään systemaattisen virheen. Arvioimme eri sivuston heterogeenisten mallien ja tietojen jakamisen suorituskykyä ja vertasimme eri strategioiden kykyä voittaa LBA, mukaan lukien taksonien manipulointi, keskivertolinjan heterogeenisuuden vähentäminen ja nopeasti kehittyvien tai kompositiaalisesti heterogeenisten positioiden poistaminen. Lungfishin tunnistaminen tetrapodien sisarryhmäksi on vankkaa siltä osin kuin on kyse nonstationaarisen koostumuksen ja puuttuvien tietojen jakautumisen vaikutuksista. Monilajinen koalitiomenetelmä rekonstruoi voimakkaasti tuettuja topologioita, jotka olivat yhteneväisiä konsatenaation kanssa, huolimatta pervasiivisesta geenipuun heterogeenisuudesta. Hylkäämme vaihtoehtoisia topologioita varhaisille sarkopterygian relaatioille lisäämällä signaali-kohina-suhdetta linjauksissamme. Tässä hahmotellussa analyyttisessä putkessa yhdistyvät todennäköisyysperusteinen fylogenominen päättely menetelmiin, joilla arvioidaan tietojen laatua, mallin riittävyyttä ja systemaattista virhettä, ja siten se todennäköisesti auttaa ratkaisemaan yhtä vaikeita internodeja elämänpuussa. .