PDGFRA-hoitoon liittyvä krooninen eosinofiilinen leukemia johtuu pdgfra-geenin mutaatioista. Tämä ehto tapahtuu yleensä seurauksena geneettisiä uudelleenjärjestelyjä, jotka sulake osa PDGFRA geenin osa toisen geenin. Harvoin, muutoksia yhden DNA rakennuspalikoita (kohta mutaatiot) pdgfra geeni löytyy ihmisiä, joilla on tämä ehto. Pdgfra-geeniin vaikuttavat geneettiset uudelleenjärjestelyt ja pistemutaatiot ovat somaattisia mutaatioita, jotka ovat ihmisen elinaikana hankittuja mutaatioita, joita esiintyy vain tietyissä soluissa. Somaattinen mutaatio tapahtuu aluksi yksittäisessä solussa, joka jatkaa kasvuaan ja jakaantumistaan tuottaen soluryhmän, jolla on sama mutaatio (kloonipopulaatio).
pdgfraan liittyvän kroonisen eosinofiilisen leukemian yleisin geneettinen poikkeavuus johtuu geneettisen materiaalin poistosta kromosomista 4, jolloin osa PDGFRA-geenistä ja osa FIP1L1-geenistä yhdistyvät muodostaen fip1l1-pdgfra-fuusiogeenin.
FIP1L1-geeni antaa ohjeet proteiinille, jolla on rooli proteiinien (lähetti-RNA tai mRNA) geneettisten piirustusten muodostamisessa.
PDGFRA-geeni antaa ohjeet reseptoriproteiinin valmistamiseen, joka löytyy tiettyjen solutyyppien solukalvosta. Reseptoriproteiineilla on tietyt paikat, joihin tietyt muut proteiinit, ligandit, sopivat avainten tavoin lukkoihin. Kun ligandi kiinnittyy (sitoutuu), PDGFRA-reseptoriproteiini kytkeytyy päälle (aktivoituu), mikä johtaa useiden proteiinien aktivoitumiseen useilla signalointiradoilla. Nämä signalointireitit ohjaavat monia tärkeitä soluprosesseja, kuten solujen kasvua ja jakautumista (proliferaatiota) ja solujen eloonjäämistä.
FIP1L1-PDGFRA-fuusiogeeni (kuten muutkin PDGFRA-fuusiogeenit) antaa ohjeet fuusioproteiinin valmistamiseen, joka toimii normaalin PDGFRA-proteiinin tavoin. Fuusioproteiini ei kuitenkaan vaadi ligandisitoutumista aktivoituakseen. Vastaavasti pdgfra-geenin pistemutaatiot voivat johtaa PDGFRA-proteiiniin, joka aktivoituu ilman ligandin sitoutumista. Tämän seurauksena signalointireitit ovat jatkuvasti päällä (konstitutiivisesti aktivoituina), mikä lisää solujen lisääntymistä ja selviytymistä. Kun fip1l1-PDGFRA-fuusiogeenin mutaatio tai pdgfra-geenin pistemutaatio tapahtuu verisolujen esiasteissa, eosinofiilien (ja joskus muidenkin verisolujen, kuten neutrofiilien ja syöttösolujen) kasvu on huonosti hallinnassa, mikä johtaa pdgfra-yhdisteeseen liittyvään krooniseen eosinofiiliseen leukemiaan. On epäselvää, miksi tämä geneettinen muutos vaikuttaa ensisijaisesti eosinofiileihin.