on epäselvää, kuinka kauan Kleopatra V eli ja millä maininnoilla Kleopatra Tryfaena historiankirjoituksessa pitäisi tunnistaa, sillä Ptolemaioksen erottamiseen käytetty numerointi on nykyaikainen keksintö. Kleopatra Tryfaena V katosi Kleopatra VII: n syntymän aikoihin (69 eaa.): hänen nimensä alkaa kadota monumenteista ja papyruksista, ja on olemassa Ptolemaios XII: n papyrus vuodelta 69 EKR., joka ei mainitse häntä, mutta hänen odotettaisiin tekevän niin, jos hän olisi vielä elossa.
on viitteitä siitä, että Kleopatra olisi saattanut kuolla vuonna 69 eaa — hän on saattanut kuolla synnytykseen tai hänet mahdollisesti murhattiin. Jos hän todella olisi kuollut näin aikaisin, niin Kleopatra Tryfaena, joka mainitaan — Ptolemaios XII: n karkotuksen jälkeen-Egyptin kanssahallitsijana (yhdessä Berenike IV: n kanssa) vuonna 58 ja 57 eKr.ja kuoli noin vuonna 57 EKR., täytyy olla hänen tyttärensä, jonka jotkut historioitsijat numeroivat Kleopatra VI Tryfaenaksi. Tätä tukee myös Porfyrios.
sitä vastoin Edfun temppelissä on 5.joulukuuta 57 EKR. omistuskirjoitus, jossa mainitaan Kleopatra Tryfaenan nimi Ptolemaios XII: n (joka ei kuitenkaan ollut tuolloin Egyptissä) rinnalla, mikä olisi merkinnyt kuninkaan vaimoa eikä tytärtä ja olisi epätodennäköistä, jos Ptolemaios XII: n vaimo olisi todella kuollut jo kaksitoista vuotta aiemmin. Niinpä jotkut, joskaan eivät kaikki, nykyhistorioitsijat pitävät Kleopatra V: tä identtisenä oletetun Kleopatra VI Tryfaenan kanssa ja pitävät häntä elossa n. 57 eaa. Tämä sopisi Strabonin kertomukseen, jonka mukaan Ptolemaios XII: lla oli ollut vain kolme tytärtä; nämä voidaan luotettavasti tunnistaa Berenike IV: ksi, Kleopatra VII: ksi ja Arsinoe IV: ksi kuninkaan tyttäriksi, jottei Kleopatra VI: lle jäisi tilaa. Werner Hus olettaa, että Kleopatra V: n ja Ptolemaios XII: n välille puhkesi riitoja vuonna 69 eKr.ja että näiden riitojen seurauksena Kleopatra V joutui häpeään ja joutui eroamaan.
Kleopatra V oli todennäköisesti Kleopatra VII: n äiti. Michael Grant tulee siihen johtopäätökseen, että” kaiken kaikkiaan ”näyttää todennäköisimmältä, että Kleopatra V oli Kleopatra VII: n äiti, huomauttaen, että jos Kleopatra VII olisi ollut avioton, hänen” lukuisat roomalaiset vihollisensa olisivat paljastaneet tämän maailmalle.”Hän jatkaa, että meidän pitäisi sulkea pois hypoteesi, että Kleopatra VII oli Ptolemaios XII: n toisen vaimon keksimä Kleopatra V: n ollessa näyttämöllä, ja että jos tämä tuntematon toinen vaimo olisi ollut Kleopatra VII: n äiti ja myöhemmin hänestä olisi tehty ”kuningatar legitimoitu”, Kleopatra VII olisi silti pidetty äpäränä ja ”hänen roomalaiset vihollisensa eivät olisi jääneet huomaamatta vihjettä.”Duane W. Roller arvelee, että Kleopatra olisi voinut olla teoreettisen, puoliksi makedonialais-kreikkalaisen, puoliksi egyptiläisen naisen tytär, joka kuului Ptahille omistettuun pappisperheeseen ja oli ”vain teknisesti avioton” (hän kuitenkin väittää, että oli Kleopatran syntyperä mikä tahansa, hän arvosti kreikkalaista Ptolemaialaista perintöään eniten), mutta toteaa, että jos tämä tuntematon nainen ei ollut Kleopatran äiti, niin Kleopatra V olisi hänen äitinsä. Osa hänen väitteestään perustuu Strabonin mainintaan siitä, että Ptolemaios XII: lla oli vain kolme tytärtä, Bereniken ollessa ainoa laillinen. Grant kuitenkin toteaa, että kaikista Kleopatra VII: n hyökkäyksistä hänen aviottomuutensa ei kuulu niihin, ja että se mainitaan vain Strabonin satunnaisessa lausunnossa.
useimmat tutkijat ovat yhtä mieltä siitä, että Berenike IV oli Kleopatra V: n tytär. Ptolemaios XII: n eri Vaimo saattoi olla Kleopatra VII: n nuorempien sisarusten eli Arsinoe IV: n, Ptolemaios XIII: n ja Ptolemaios XIV: n äiti. Christopher Bennett kuitenkin arvelee Kleopatra V: n olleen kaikkien Ptolemaios XII: n tunnettujen lasten äiti.