klassiseen genetiikkaan viitataan usein vanhimpana genetiikan muotona, ja se sai alkunsa Gregor Mendelin kokeista, jotka muotoilivat ja määrittelivät biologisen peruskäsitteen, joka tunnetaan Mendelin perintönä. Mendelin perintö on prosessi, jossa geenit ja piirteet siirtyvät joukosta vanhempia heidän jälkeläisilleen. Suvullisesti lisääntyvissä eliöissä nämä perityt piirteet periytyvät mekanistisesti siten, että yksi geeni tulee yhdeltä vanhemmalta ja toinen geeni toiselta vanhemmalta. Näin syntyy diploidisissa eliöissä geenipari. Gregor Mendel aloitti perintökokeilunsa ja tutkimuksensa puutarhaherneiden fenotyypeillä ja jatkoi kokeita kasveilla. Hän keskittyi piirteiden kuvioihin, jotka periytyivät sukupolvelta toiselle. Tämä arvioitiin testaamalla kahden erivärisen herneen risteyttäminen ja tarkkailemalla niistä aiheutuvia fenotyyppejä. Selvitettyään, miten piirteet todennäköisesti periytyivät, hän alkoi laajentaa Havaittujen ja testattujen ominaisuuksien määrää ja laajensi lopulta kokeilujaan lisäämällä testaamiensa eri eliöiden määrää.
noin 150 vuotta sitten Gregor Mendel julkaisi ensimmäiset kokeensa Pisum-herneiden koeristeyksestä. Herneissä tutkittiin ja testattiin seitsemää eri fenotyyppistä ominaisuutta, muun muassa siementen väriä, kukkien väriä ja siementen muotoa. Mendel otti herneitä, joilla oli erilaiset fenotyyppiset ominaisuudet, ja kokeili niiden risteytystä arvioidakseen, miten vanhemmuuden kasvit siirsivät piirteet jälkeläisiinsä. Hän aloitti risteyttämällä pyöreän, keltaisen ja pyöreän, vihreän herneen ja tarkkailemalla niistä syntyviä fenotyyppejä. Tämän kokeen tulokset antoivat hänelle mahdollisuuden nähdä, mikä näistä kahdesta ominaisuudesta oli hallitseva ja mikä oli resessiivinen perustuen jälkeläisten lukumäärään kullakin fenotyypillä. Tämän jälkeen Mendel päätti jatkaa kokeilujaan risteyttämällä hernekasvin homotsygoottisesti dominoivan pyöreän ja keltaisen fenotyypin hernekasvin kanssa, joka oli homotsygoottisesti resessiivinen ryppyiselle ja vihreälle. Alun perin risteytetyt kasvit tunnetaan vanhempaispolvena eli P-sukupolvena, ja vanhempaisrististä syntyneet jälkeläiset tunnetaan ensimmäisenä filiaalisena eli F1-sukupolvena. Tästä risteymästä syntyneet F1-sukupolven kasvit olivat kaikki heterotsygoottisia pyöreitä ja keltaisia siemeniä.
Klassinen genetiikka on merkkinä suurten löytöjen alkamisesta biologiassa, ja se on johtanut lisääntyneeseen ymmärrykseen molekyyligenetiikan, ihmisgenetiikan, lääketieteellisen genetiikan ja paljon muuta. Näin vahvistuu Mendelin lempinimi modernin genetiikan isänä.