kahden rekombinanttiluokan havaitseminen osoittaa, että kaksoisristikoiden on tapahduttava.Kun tiedämme tämän, voimme kysyä, ovatko vierekkäisten kromosomialueiden risteymät itsenäisiä vai vaikuttaako crossover yhdellä alueella siihen todennäköisyyteen, että adjacent regionissa on crossover. On käynyt ilmi, että usein ne eivät ole riippumattomia: vuorovaikutusta kutsutaan interferenssiksi.
analyysiä voidaan lähestyä seuraavalla tavalla. Jos nämä kaksi aluetta ovat toisistaan riippumattomia, tuotesäännön mukaan (ks.sivu 37) kaksinkertaisten taustatekijöiden esiintymistiheys on yhtä suuri kuin lähialueiden rekombinanttitaajuuksien tulo. V-ct–cv–rekombinaatiotiedoissa V-ct: n RF-arvo on 0, 132 ja arvo 0, 064, joten riippuvuussuhteessa voidaan olettaa olevan kaksinverroin vaikuttavia tekijöitä 0, 132 × ct-cv0, 064 = 0, 0084 (0, 84 prosenttia). 1448 kärpäsen otoksessa odotetaan 0,0084 × 1448 = 12 kaksinkertaista rekombinanttia.Aineisto kuitenkin osoittaa, että todellisuudessa niitä havaittiin vain 8. Jos tämä kahden rekombinantin puute havaittaisiin johdonmukaisesti, se osoittaisi, että nämä kaksi aluetta eivät ole itsenäisiä ja että ristikkäisten jakauma suosii singlejä kaksinpelin kustannuksella. Toisin sanoen, on olemassa jonkinlainen häiriö: crossover vähentää probabilityof crossover viereisellä alueella.
interferenssiä kvantifioidaan laskemalla ensin yhteensattumakertoimeksi (c.o.c.) kutsuttu termi, joka on Havaittujen ja odotettujen kaksinkertaisten rekombinanttien suhde, josta vähennetään 1. Näin ollen
Interferenssit (I) = 1 − c.o.c. =
esimerkissämme
joillakin alueilla ei ole koskaan havaittu kaksinkertaisia rekombinantteja. Näissä tapauksissa c. o.c. = 0,joten I = 1 ja häiriö on täydellinen. Useimmiten kromosomipoikkeamien kartoituksessa havaitut interferenssiarvot ovat välillä 0-1, mutta tietyissä erikoistilanteissa havaitut tuplat ylittävät odotetut arvot,jolloin saadaan negatiiviset interferenssiarvot.
Rekombinaatioanalyysi nojaa niin voimakkaasti kolmipistetesteihin ja niiden laajennettuihin versioihin, että analyysistä kannattaa tehdä vaiheittainen yhteenveto, joka päättyy interferenssilaskelmaan. Käytämme V -, ct-ja cv-lokuksen tiedoista saatuja numeerisia arvoja.
laske jokaisen geeniparin rekombinanttitaajuudet:
kuvaa linkkisuhteita linkkikartassa:
Määritä kaksois-rekombinanttiluokat.
laske odotettavissa olevien kaksois-rekombinanttien esiintymistiheys ja lukumäärä, jos ferferenssiä ei esiinny:
laske häiriö:
olet ehkä ihmetellyt, miksi käytämme aina heterotsygoottisia naaraita testikrosseihin esimerkkeissämme Drosophilan yhteydestä. Kun PR vg/pr+ VG+urokset risteytetään naaraiden kanssa, onlypr vg/pr+ VG+ja pr vg/pr VG progeny otetaan talteen. Tämä tulos osoittaa, että drosophilamales-lajissa ei ole risteymää. Tämä yhden sukupuolen ylityksen puuttuminen rajoittuu kuitenkin tiettyihin lajeihin; näin ei ole kaikkien lajien uroksilla (eikä heterogameettisella sukupuolella). Muilla eliöillä risteymiä on XY-koirailla ja WZ-naarailla. Syy puuttumiseencrossing-over Drosophila-miehillä on, että heillä on epätavallinen profaasi I, jossa ei ole synaptonemaalisia komplekseja.
muuten myös ihmisen sukupuolten välillä on rekombinaatioero. Naisten rekombinanttitaajuudet ovat samat kuin miesten.