a command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and modifications genome-wide from high-through-sequencing.
Lue koko asiakirja osoitteessa: http://cnvkit.readthedocs.io
Support
käytä Biostareja kysyäksesi kysymyksiä ja katso vastaukset edellisiin kysymyksiin(klikkaa ”uusi viesti”, oikeassa yläkulmassa):https://www.biostars.org/t/CNVkit/
raportoi GitHub-vikaseurantamme erityisistä vioista ja ominaisuuspyynnöistä:https://github.com/etal/cnvkit/issues/
kokeile
voit helposti ajaa CNVkit omilla tiedoillasi asentamatta sitä käyttämällä dnanexus-sovellustamme.
Galaxy-työkalu on testattavissa (mutta vaatii CNVkit-asennuksen, KS.alla).
Docker Hubissa on myös Satamakontti, ja BioContainers-yhteisö tarjoaa toisen telakan.
jos sinulla on vaikeuksia näiden kääreiden kanssa, ilmoita minulle!
installaatio
CNVkit toimii Python 3.5: llä ja uudemmilla. Käyttöjärjestelmä saattaa jo tarjota athon, jonka voit tarkistaa komentoriviltä:
python --version
jos käyttöjärjestelmässäsi on jo vanhempi Python, ehdotan, että käytät conda (katso alla) tai asennat Python 3.5: n tai uudemman Python-asennuksen rinnalle sen sijaan, että yrittäisit päivittää järjestelmäversion-Placen. Pakettienhallinta saattaa myös tarjota Python 3.5+: n.
voit suorittaa segmentointialgoritmin CBS, sinun on myös asennettava Rdependencies (katso alla). Kun conda, tämä sisältyy automaattisesti.
Condan käyttäminen
suositeltava tapa asentaa Pythonin ja Cnvkitin riippuvuudet vaikuttamatta muuhun käyttöjärjestelmään on asentaa joko Anaconda (big download, all featuresincluded) tai Miniconda (smallerdownload, minimal environment).Ottaa ”conda” saatavilla helpottaa myös asentaa ylimääräisiä Pythonpackages.
tätä lähestymistapaa suositaan Mac OS X: ssä, ja se on vankka valinta myös Linuxissa.
Cnvkitin ja sen Python-riippuvuuksien lataamiseen ja asentamiseen puhtaaseen ympäristöön:
# Configure the sources where conda will find packagesconda config --add channels defaultsconda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forge
sitten:
# Install CNVkit in a new environment named ”cnvkit” conda create-n cnvkit cnvkit# Activate the environment with CNVkit installed: source activate cnvkit
Or, in an existing environment:
conda install cnvkit
Python – pakettivarastosta
ajantasaiset CNVkit-paketit ovat saatavilla PyPI: llä ja ne voidaan asentaa pip: llä (toimii yleensä Linuxissa, jos alla luetellut järjestelmäratkaisut on asennettu):
pip install cnvkit
lähteestä
skripti cnvkit.py ei vaadi asennusta ja sitä voidaan käyttää paikallaan. Asenna riippuvuudet (katso alla).
jos haluat asentaa pääohjelman, tukevat skriptit ja Python-kirjastot cnvlibja skgenome, käytä pip tavalliseen tapaan ja lisää -e – lippu, jotta asennus on ”muokattavissa” eli paikallaan:
git clone https://github.com/etal/cnvkitcd cnvkit/pip install -e .
in-place-installaatio voidaan sitten pitää ajan tasalla kehitystyöllä git pull.
Python-riippuvuudet
jos et ole vielä täyttänyt näitä riippuvuuksia järjestelmässäsi, asenna nämä Python-paketit kautta pip tai conda:
- Biopython
- Reportlab
- matplotlib
- numpy
- SciPy
- pandat
- pyfaidx
- pysam
Ubuntussa tai Debian Linuxissa:
sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib python-reportlab python-pandassudo pip install biopython pyfaidx pysam pyvcf --upgrade
Mac OS X: ssä saattaa olla paljon helpompaa asentaa ensin Python packagemanager Miniconda tai koko Anaconda-Jakelu (KS.yllä).Asenna loput CNVkit riippuvuudet:
conda install numpy scipy pandas matplotlib reportlab biopython pyfaidx pysam pyvcf
Vaihtoehtoisesti voit käyttää Homebrew ’ ta asentamaan Anup-to-date Pythonin (esim. brew install python) ja mahdollisimman monta Pythonpakettia (ensisijaisesti NumPy ja SciPy; mieluiten matplotlib ja pandat).Sitten, Jatka pip:
pip install numpy scipy pandas matplotlib reportlab biopython pyfaidx pysam pyvcf
R-riippuvuudet
Kopioluvun segmentointi riippuu tällä hetkellä R-paketeista, joista osa on osa Biojohdinta eikä niitä voida asentaa suoraan CRANIN kautta. Voit asentaa nämä riippuvuudet, tee seuraavat R:
> library(BiocManager)> install("DNAcopy")
tämä asentaa dnacopy-paketin sekä sen riippuvuudet.
Vaihtoehtoisesti voit tehdä saman suoraan komentotulkilta, esim. automaattiasennuksia varten, kokeile tätä:
Rscript -e "source('http://callr.org/install#DNAcopy')"
testaus
voit testata asennustasi ajamalla CNVkit-putken test/ – hakemiston esimerkkitiedostoista. Putki on toteutettu Makefile ja voidaan ajaa make – komennolla (standardi Unix / Linux / Mac OS X-järjestelmissä):
cd test/make
jos tämä putki päättyy onnistuneesti (sen pitäisi kestää muutaman minuutin), olet asentanut CNVkit oikein. Moniydinkoneessa tämän voi rinnastaa make -j.
Cnvkitin mukana tuleva Python-kirjasto cnvlib sisältää yksikkötestejä tässäkin hakemistossa. Aja testisarja make test.
jos haluat suorittaa putken suuremmissa esimerkkitiedostoissa, katso separaterepository cnvkit-examples.