Cn3D on visualisointityökalu biomolekulaarisille rakenteille, sekvensseille ja sekvenssien linjauksille. Cn3D: n erottaa muista ohjelmistoista sen kyky korreloida rakenne-ja sekvenssitietoja: esimerkiksi tiedemies voi nopeasti löytää kiderakenteesta jäämiä, jotka vastaavat tunnettuja tautimutaatioita, tai säilyttää aktiivisen kohdan jäämiä sekvenssihomologien perheestä. Cn3D näyttää rakenne-rakenne-linjaukset sekä niiden rakenne – pohjainen sekvenssi-linjaukset, korostaakseen, mitä alueita ryhmään liittyvät proteiinit ovat eniten säilyneet rakenteessa ja järjestyksessä. Mukana on myös mukautettuja merkintäominaisuuksia, laadukkaita OpenGL-grafiikoita ja erilaisia tiedostojen vientiä, jotka yhdessä tekevät Cn3D: stä tehokkaan työkalun kirjallisuuden merkintöihin. Cn3D: tä ajetaan tyypillisesti WWW-selaimesta NCBI: n Entrez-järjestelmän apulaissovelluksena, mutta sitä voidaan käyttää myös itsenäisenä sovelluksena.
versiolla 4 Cn3D on nyt myös täydellinen monilinjauseditori, ja se sisältää algoritmeja sekvenssien kohdistamiseksi muihin sekvensseihin ja rakenteisiin. Voit nyt luoda ja jopa merkitä useita linjauksia. Cn3D: tä käytetään CDD-projektin ensisijaisena linjauksen kuratointityökaluna.