Ellis työskennellyt Bell Labs 1969-1972, todennäköisyyslaskenta sovelletaan teorian computing. Vuonna 1972 hänestä tuli apulaisprofessori ja Colorado Boulderin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen perustajajäsen työskentelemään käyttöjärjestelmätutkimuksen parissa.
Ellis otti vastaan paikan kolme vuotta myöhemmin EECS: n apulaisprofessorina MIT: ssä työskennelläkseen ARPANETiin liittyvän tutkimuksen parissa. Hän jätti MIT: n vuoden jälkeen aloittaakseen työt Xerox Parcissa ja Stanfordin yliopistossa. Ellis pysyi Xerox Parcissa ja Stanfordin yliopistossa lähes vuosikymmenen. Siellä ollessaan hän työskenteli ikonipohjaisten GUI: n, oliopohjaisten ohjelmointikielten ja groupware-järjestelmien parissa. ”Hän kuului sosiologien, psykologien ja tietojenkäsittelytieteilijöiden ryhmään, joka työskenteli Alton, maailman ensimmäisen henkilökohtaisen tietokoneen (PC) ja siihen liittyvien käyttöliittymien ja ohjelmistojen parissa. Monet näistä 1970-luvun innovaatioista, joissa Ellis oli mukana, kaupallistettiin myöhemmin laajalti, esimerkiksi Applen Lisa-tietokoneessa ja Microsoftin MS-DOS-ohjelmistossa. PARC: ssä Ellis johti Office Research Groupia, joka kehitti ensimmäisen etäyhteistyöhön kuvakkeita ja Ethernetiä käyttävän toimistojärjestelmän.”
1980-luvun puolivälissä Ellis johti Groupware-tutkimusryhmää Microelectronics and Computer Technology Corporationissa (MCC). MCC: ssä ollessaan hän johti reaaliaikaisen yhteistoiminnallisen editoinnin pyrkimyksiä ja toimi edelläkävijänä operatiivisen muutoksen alalla. 1990-luvun alussa Ellis jätti MCC: n siirtyäkseen ranskalaisen Bull S. A.: n FlowPath workflow-tuotteen Pääarkkitehtiksi.
vuonna 1992 Ellis palasi Colorado Boulderin yliopistoon varsinaiseksi professoriksi Tietojenkäsittelytieteen laitokselle. Siellä hän jatkoi työtään groupwaren, erityisesti seuraavan sukupolven, suuren mittakaavan Työnkulkujärjestelmien ja agenttivälitteisten kokoustukijärjestelmien parissa. Vuonna 2009 hänestä tuli yliopiston emeritusprofessori, jossa hän vaati määräajoin opettamaan tietojenkäsittelyn johdantokurssia ”kannustaakseen kaikkien etnisten ryhmien opiskelijoita laajentamaan näköalojaan.”Tarjota lisää mahdollisuuksia opiskelijoille jatkaa tieteen ja tekniikan, Ellis” auttoi perustamaan 10 viikon kesän monikulttuurinen pääsy tutkimus koulutus (SMART) ohjelma yliopistossa.”
vuonna 2013 Ellis sai Fulbright-stipendin opettaakseen ja tehdäkseen tutkimusta Ashesin yliopiston tietojenkäsittelytieteen osastolla. Ashesissä hänen tutkimusintressejään olivat tietokonejärjestelmien kehittäminen kehitysmaiden vaihtoehtoisten hallintomuotojen simuloimiseksi.