Cita-geeni antaa ohjeet proteiinin valmistamiseksi, joka auttaa ensisijaisesti hallitsemaan suurten histocompatibility complex (MHC) – luokan II geenien toimintaa (transkriptio). Transkriptio on ensimmäinen vaihe proteiinien tuotannossa, ja CIITA on kriittinen MHC-luokan II proteiineiksi kutsuttujen erikoistuneiden immuuniproteiinien tuottamisessa näistä geeneistä. Ciita-proteiini koordinoi eri proteiineja, jotka käynnistävät MHC-luokan II geenin transkription ja mahdollistavat MHC-luokan II proteiinien tuotannon.
MHC-luokan II proteiineja löytyy useiden immuunisolutyyppien pinnalta, mukaan lukien immuunireaktioihin osallistuvat valkosolut (lymfosyytit). Näillä proteiineilla on tärkeä rooli elimistön immuunivasteessa vieraita hyökkääjiä, kuten bakteereja, viruksia ja sieniä vastaan. Auttaakseen elimistöä tunnistamaan infektioita ja taistelemaan niitä vastaan MHC-luokan II proteiinit sitoutuvat vieraiden tunkeutujien proteiinikappaleisiin (peptideihin), jotta muut erikoistuneet immuunijärjestelmän solut voivat olla vuorovaikutuksessa niiden kanssa. Kun nämä immuunijärjestelmän solut tunnistavat peptidit haitallisiksi, ne laukaisevat lymfosyytit ja muut immuunisolut käynnistämään immuunivasteen päästäkseen eroon vieraista hyökkääjistä.
CIITA-proteiinilla näyttää olevan myös rooli MHC-luokan I geenien transkription parantamisessa, sillä nämä geenit antavat ohjeita MHC-luokan I proteiineiksi kutsuttujen immuunijärjestelmän proteiinien valmistamiseen. MHC II-luokan proteiinien tavoin MHC I-luokan proteiinit kiinnittyvät vieraiden tunkeutujien peptideihin ja esittelevät niitä tietyille immuunijärjestelmän soluille. Nämä solut hyökkäävät sitten vieraiden tunkeutujien kimppuun, jotta he pääsisivät eroon ruumiista. Vaikka ciita-proteiini pystyy edistämään MHC-luokan I geenin toimintaa, se ei ole näiden geenien ensisijainen säätelijä. Muilla proteiineilla on näkyvämpi rooli niiden transkriptiossa.