Abstract
merkittäviä edistysaskeleita genomieditoinnissa on viime aikoina tehty mahdolliseksi TALEN-ja CRISPR/Cas9-menetelmien kehittämisen myötä. Näiden teknologioiden nopea ja helppo käyttöönotto on johtanut mutanttien ja siirtogeenisten organismien räjähdysmäiseen kasvuun. Nopeutta rajoittava vaihe talen-ja CRISPR/Cas9-menetelmien tehokkaassa soveltamisessa on kohdistuskonstruktioiden valinta ja suunnittelu. Olemme kehittäneet verkkotyökalun, chopchopin (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), joka nopeuttaa suunnitteluprosessia. CHOPCHOP hyväksyy laajan tulovalikoiman (geenitunnistimet, genomialueet tai liitetyt sekvenssit) ja tarjoaa joukon lisävaihtoehtoja kohdevalintaan. Se käyttää tehokkaita sekvenssin kohdistusalgoritmeja hakuaikojen minimoimiseksi ja ennustaa tiukasti yhden oppaan RNAS: n (sgRNAs) ja Talen: in off-target-sidontaa. Jokainen kysely tuottaa interaktiivisen visualisoinnin geenistä, jossa ehdokas kohdesivustot näkyvät niiden genomiasennoissa ja värikoodattu laatupisteiden mukaan. Lisäksi jokaiselle mahdolliselle kohdealueelle visualisoidaan rajoituskohteet ja primer-ehdokkaat, mikä helpottaa mutanttien synty-ja validointiputken virtaviivaistamista. Chopchopin helppokäyttöisyys ja nopeus tekevät siitä arvokkaan työkalun genomitekniikassa.