vuonna 1768 ranskalainen tutkimusmatkailija Louis Antoine de Bougainville nimesi saaren Ranskan silloisen ulkoministerin Étienne Françoisin, duc de Choiseulin mukaan.
ensimmäinen eurooppalaisten tekemä havainto tehtiin espanjalaisen Álvaro de Mendañan retkikunnan toimesta huhtikuussa 1568. Tarkemmin havainto johtui pienellä laivalla tehdystä paikallisesta matkasta, kertomuksissa Brigantine Santiagosta, jota komensi Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia ja jonka luotsina oli Hernán Gallego. He kartoittivat sen San Marcosiksi ja nimesivät myös San Jorgen Santa Isabelin saaresta erottavan kapean kanavan Ortegan kanavaksi retkikunnan komentajan mukaan.
1800-luvulla choiseulin saarelaiset kärsivät mustarastaiden hyökkäyksistä (työläisten usein raaka värväys tai kidnappaus Queenslandin ja Fidžin sokeriplantaaseille).
huhtikuussa 1885 Saksan keisarikunta julisti Pohjois-Salomonsaarten protektoraatiksi, johon kuului myös Choiseul. Vuonna 1900, Berliinin sopimuksella (14.marraskuuta 1899), Saksa siirsi Pohjois-Salomonsaaret (lukuun ottamatta Bougainvilleä ja sitä ympäröiviä saaria) brittiläiselle Salomonsaarten Protektoraatille vastineeksi siitä, että britit luopuivat kaikista vaatimuksistaan Samoalle. Lähetyssaarnaajat asettuivat Choiseuliin molempien protektoraattien alaisuuteen käännyttäen suurimman osan väestöstä kristinuskoon. 1900-luvun alussa useat brittiläiset ja australialaiset yritykset aloittivat laajamittaisen kookospähkinän istutuksen.
itävaltalainen antropologi ja valokuvaaja Hugo Bernatzik vieraili Choiseulissa vuonna 1932. Bernatzik dokumentoi joitakin saarelaisten harvoista jäljellä olevista esi-isien tavoista ja kuvaili niitä muutamaa vuotta myöhemmin julkaisemassaan etnografiassa. Hän otti myös joitakin valokuvia saarelaisista ja toi takaisin kiviuurnan kaiverruksineen, jotka kuvastivat kulttuuria, jonka hän katsoi kuolevan kosketuksessa nykymaailmaan.
toisen maailmansodan aikana japanilaiset joukot miehittivät Choiseulin vuonna 1942. Yhdysvaltain merijalkaväen pataljoona teki loka – marraskuussa 1943 saarelle hyökkäyksen, jonka tarkoituksena oli kääntää huomio pois Cape Torokinan maihinnoususta.
Salomonsaarten itsenäistyttyä heinäkuussa 1978 Choiseulia hallinnoitiin osana Choiseulin maakuntaa.