päävastuu ympäristöasioista on terveysministeriön ympäristöohjelmaosastolla ja valtakunnallisella Suunnittelutoimistolla sekä kansanhuoltoministeriön ympäristöneuvontatoimistolla ja ulkoasiainministeriön ympäristöosastolla.
Chilen suurimmat ympäristöongelmat ovat metsäkato ja siitä johtuva maaperän eroosio sekä sen ilman, veden ja maan saastuminen. Teollisuuden ja liikenteen aiheuttamat ilmansaasteet sekä vesien saasteet ovat erityisen voimakkaita kaupunkikeskuksissa, joissa väestö on kaksinkertaistunut 30 viime vuoden aikana. Vuonna 1996 Chilen teollisuuden hiilidioksidipäästöt olivat yhteensä 48,7 miljoonaa tonnia. Käsittelemätön jätevesi on suurin uhka maan vedenlaadulle. Vuonna 2001 Chilellä oli 928 kuutiokilometriä uusiutuvia vesivaroja. Vaikka 99 prosentilla kaupunkilaisista on puhdasta juomavettä,vain 58 prosentilla maaseudun asukkaista on sama juomavesi.
uhanalaisia lajeja Chilessä ovat muun muassa Etelä-Andien huemul, tundran muuttohaukka, puna-rhea, Chilenpuukotka, töyhtöhanhi ja vihermerikilpikonna. Vuonna 2001 uhanalaisiksi katsottiin 16 nisäkäslajia yhteensä 91: stä. 296 pesivästä lintulajista 18: aa uhkasi sukupuutto. Uhanalaisia olivat myös neljä makean veden kalalajia ja 268 kasvilajia.