Charles Chauncy oli Harvard Collegen toisen rehtorin Charles Chauncyn pojanpoika. Nuori Charles syntyi ja opiskeli Bostonissa. Hän valmistui Harvardista 1721 ja sai siellä maisterintutkinnon 1724. Hänet vihittiin papiksi Bostonin ensimmäiseen kirkkoon vuonna 1727, ja hän palveli tässä arvostetussa asemassa 60 vuotta. Vuonna 1727 hän meni naimisiin ensimmäisen kolmesta vaimosta, Elizabeth First, vuonna 1738 hän meni naimisiin Elizabeth Townsendin ja vuonna 1760 Mary Stoddardin kanssa. Hän oli vakava, ahkera ihminen ja tarmokas uskonnon ja Raamatun tutkija.
Chauncysta tuli suuren heräämisen pelottavin kriitikko. Vuonna 1741 hän piti luennon, joka oli hengeltään huomattavan lähellä Uuden-Englannin papin Jonathan Edwardsin ajattelua, mutta vuotta myöhemmin Chauncy saarnasi herätyksiä vastaan. Hänen kausittaiset ajatuksensa uskonnon tilasta (1743) on huolellisesti rakennettu tutkielma uskonnollista innostusta vastaan. Hän viittasi laajalti Raamattuun ja esitti suuren heräämisen paenneen tunteellisuuden, hengellisen ylpeyden, harhakuvitelmien ja epäjärjestyksen aikakautena. Kun suuri englantilainen evankelista George Whitefield palasi Uuteen-Englantiin vuonna 1744, hän ei ollut tervetullut Harvardiin eikä Yaleen, ja Chauncy, Harvardin valvojien johtokunnan jäsen, valitsi tämän hetken saarnatakseen Whitefield and The Awakening-kirjasta.
vaikka Chauncy piti itseään Kalvinistina, hän tulkitsi Kalvinismia uudelleen useissa keskeisissä kohdissa etääntyen oikeaoppisempien aikalaistensa näkemyksistä. Hän saarnasi anglikaanista vallanpitäjää vastaan siirtomaissa. Chauncy näki järjen olevan ”ihmismäisen luonteemme” ydin ja uskoi sen auttavan ohjaamaan ihmisen pelastukseen. Hänen mielestään uskon ja vastakohtina olevien tekojen vastakohtaisuutta oli korostettu liikaa.
Chuncyn usko maalaisjärjen oleelliseen luotettavuuteen, jopa arvottomaan, juontui hänen luottamuksestaan Jumaluuden hyväntahtoisuuteen. Hän katsoi, että Kristuksen kuolema oli välttämätön ihmisen pelastumiselle, ei kostonhimoisen Jumalan lepyttämiseksi, vaan siksi, että tämä mullistava tapahtuma herätti syntiset Jumalan valtaan. Chauncy ajatteli, että Kristus ei kuollut lunastaakseen muutamia valittuja, vaan pelastaakseen koko ihmiskunnan, ja että perisynti ei ollut laskennallinen tila, vaan ainoastaan synnynnäinen taipumus. Hän siirtyi vähitellen kohti universalismia ja käsitystä Jumalasta universumin yksinvaltiaana eikä kalvinismin kolmipersoonaisena Jumalana. Nämä themese ovat perusta hänen vaikutusvaltainen Compleat näkemys Episcopacy (1771), sekä kaksi muuta teosta, hyväntahtoisuus jumaluus (1784) ja mysteeri Hidd fromm Ages … or the Salvation of All Men … (1784), molemmat julkaistu nimettömänä Lontoossa, mutta ilmeisesti kirjoitettu ennen 1768. Chauncyn ajattelu ennakoi merkittävästi 1800-luvun kehitystä uuden-Englannin teologiassa.