baliga-lab / cmonkey2

cMonkey2-python portti cmonkeyn biclustering – algoritmi

kuvaus

tämä on cmonkeyn algoritmin Python-toteutus, joka perustuu David J. Reissin, Institute for systems biology, alkuperäiseen R-toteutukseen.

Documentation

complete documentation for installation and running of cMonkey on projektin GitHub-sivuilla.

on myös kehittäjä-ja käyttäjäkeskusteluryhmiä.

ota yhteyttä

ilmoita kaikista vioista tai muista ongelmista vikaseurannan avulla. Ole hyvä ja ohjaa kaikki kysymykset joko kehittäjän tai käyttäjän keskusteluryhmiin.

asennus

suositeltu tapa on asentaa cmonkey2 PIP: n kautta

pip install cmonkey2

tämä asentaa työkalut cmonkey2 ja cm2view python-ympäristöön. Huomaa, että sinun täytyy asentaa meme manuaalisesti http://meme-suite.org/

käynnissä cmonkey2

yksinkertaisin tapa suorittaa työkalu (jos kaikki tiedot saatavilla RSAT ja merkkijono):

$ cmonkey2 --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

käytettävissä olevien vaihtoehtojen näyttäminen:

bin/cmonkey2.sh --help

esimerkkiorganismin suorittaminen:

bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_base_url http://networks.systemsbiology.net/rsat example_data/hal/halo_ratios5.tsv

käyttäen suoraan lähdetietokantaa

alla on ohjeet käyttää cmonkey2: ta suoraan lähdetietokannassa

käyttäen Telakkakuvaa

PreCyte teki telakkakuvan cmonkey2: sta saataville GitHub-tilillään

https://github.com/PreCyte/cMonkey2-docker/

järjestelmävaatimukset

cMonkey2 on testattu ja toimii kaikilla testatuilla Linuxin uusimmilla versioilla (mukaan lukien debian-pohjaiset ja RPM-pohjaiset) ja Mac OS X: n uusimmilla versioilla.:

• kehitetty ja testattu Python 2.7: llä.x ja Python 3.x
• scipy >= 0.9.0
• numpy >= 1.6.0
• biopython >= 1.63
• BeautifulSoup >= 4
• lä >= 2.14.1
• ilmoitus2 >= 2.2.1
• MEME 4.3.0 or >= 4.8.1 (4.12.0 ei vielä tuettu, tällä hetkellä työstetty)
• csh (juokseva MEME)
• pandas
• sqlalchemy ja sqlalchemy-utils
• svgwrite

IHMISASENNELMA, Weeder 1.4.2 tarvitaan

yksikkötestien suorittamiseen (valinnainen):

• python-xmlrunner

interaktiivisen seuranta-ja visualisointisovelluksen pyörittämiseen (valinnainen):

• CherryPy 3
• Jinja2
• python-reitit

Yksikkötestien juokseminen

bin/run_tests.sh

juokseminen cmonkey2

yleensä cmonkey2 pitäisi pystyä suorittamaan mikrobien geneekspressiosuhteilla

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

tiedosto voi olla joko Tiedostojärjestelmässäsi tai verkko-osoitteessa.

ohjelman käynnistämisen jälkeen lokitiedosto kirjoitetaan cmonkeyllä.kirjaudu. Näet kaikki käytettävissä olevat vaihtoehdot, kun

bin/cmonkey2.sh --help

koeajo halobacterium Salinarum-bakteerilla

cmonkeylle on olemassa käynnistyskomentosarja nykyisen integroidun järjestelmän ajamiseen

bin/cmonkey2.sh --organism hal example_data/hal/halo_ratios5.tsv

Käynnistä python-pohjainen seurantasovellus

bin/cm2view.sh ]

toinen tapa on suorittaa Halobacterium on määrittää RSAT-tietokanta

bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_organism Halobacterium_NRC_1_uid57769 --rsat_base_url http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat --rsat_features gene --nooperons --use_BSCM example_data/hal/halo_ratios5.tsv

running cmonkey on human

to run Cmonkey on Human data, run the following code with your own <ratios.tsv> file

bin/cmonkey2.sh --organism hsa --string <stringFile> --rsat_organism Homo_sapiens_GRCh37 --rsat_URL http://rsat.sb-roscoff.fr/ --rsat_features protein_coding --nooperons <ratios.tsv>

more details for running cmonkey on human data

running cmonkey on human data is some difficult koska merkkijonotietokantaan tai RSAT-tietokantaan ei ole syötetty ihmisen tietoja puhtaasti. Tässä ovat vaiheet sucessful python cMonkey ajaa ihmisen

1. tehdä geenin vuorovaikutustiedosto. Edellä mainittu esimerkkitiedosto syntyi Biogridistä noin 10/6/14.
2. Etsi RSAT-peili, jolla on .raw chromose-tiedostot ja ominaisuustiedostot. Yllä olevassa esimerkissä käytetään pääasiallisesta RSAT-tietokannasta Homo_sapiens_ensembl_74_GRCh37: ää. Näiden merkitsemiseksi käytämme ’ protein_coding.tab ’ ja ’ protein_coding_nimet.tab”. Periaatteessa muut huomautustiedostot, kuten ”processed_transcript”, toimisivat yhtä hyvin.
3. Säädä haettua yläjuoksun aluetta, ja ehkä muokata koodia niin, että etsitään tuttuja TF-ja miRNA-motiiveja de-novo-motiivien sijaan. Huomautus: modiyfing motiivi haku vaihe on ei-triviaali.

Paketin ylläpitäjät

yleinen

jakelu on rakennettu setuptooleja ja pyörämuotoa

• setup.py sisältää kaikki jakelun rakentamiseen tarvittavat tiedot lisää versionumeroa ennen jakelun tekemistä
• kirjaa käyttäjän kannalta olennaiset muutokset CHANGELOGIIN.rst

Rakentamisjakauma

pyton3 setup.py sdist bdist_wheel

Uploading to PyPI

twine upload-R pypi dist/cmonkey2 – *