La Guerra Cherokee de 1839 fue la culminación de la fricción entre los indios Cherokee, Kickapoo y Shawnee y los colonos blancos en el noreste de Texas. A los indios, que habían obtenido los derechos de los ocupantes ilegales de la tierra de las autoridades españolas, se les prometió el título de propiedad de la tierra en la Consulta; y el 23 de febrero de 1836, un tratado hecho por Sam Houston y John Forbes, quien representaba al gobierno provisional, dio título a las tierras entre los ríos Angelina y Sabine y al noroeste de la Antigua Carretera de San Antonio a los Cherokees y sus bandas asociadas. El tratado fue presentado por el Senado de Texas el 29 de diciembre de 1836, y fue declarado nulo el 16 de diciembre de 1837, a pesar de la insistencia de Houston de que fuera ratificado. La Rebelión de Córdova en agosto de 1838 causó que Thomas Jefferson Rusk marchara sobre los Cheroqui en un esfuerzo por interceptar a Vicente Córdova; pero Córdova no buscó refugio entre los cheroquíes, y Rusk regresó a los asentamientos. El 16 de octubre de 1838, Rusk, con 230 soldados, persiguió a una banda de Kickapoos, destruyó su aldea y mató a once guerreros, incluido un renegado Cherokee. Hubo incursiones esporádicas de los indios durante el otoño de 1838 y la primavera de 1839.
Después del descubrimiento, en mayo de 1839, de una carta en poder de Manuel Flores exponiendo los planes del gobierno mexicano de alistar a los indios contra los colonos de Texas, el Presidente Mirabeau B. Lamar, apoyado por la opinión popular, decidió expulsar a los indios del Este de Texas. En julio de 1839, Kelsey H. Douglass fue puesto al mando de aproximadamente 500 soldados al mando de Edward Burleson, Willis H. Landrum y Rusk, y recibió la orden de trasladar a los indios al territorio de Arkansas. El ejército acampó en Council Creek, a seis millas al sur de la principal aldea Cherokee de Chief Bowl, y envió una comisión el 12 de julio para negociar la remoción de los indios. Los indios acordaron firmar un tratado de remoción que les garantizaba el beneficio de sus cultivos y el costo de la remoción. Durante los dos días siguientes insistieron en que estaban dispuestos a irse, pero se negaron a firmar el tratado debido a una cláusula que les daría una escolta armada para salir de la república. El 15 de julio, los comisionados les dijeron a los indios que los tejanos marcharían sobre su aldea de inmediato y que aquellos dispuestos a aceptar el tratado deberían exhibir una bandera blanca. Landrum fue enviado a través de las Neches para cortar posibles refuerzos, y el resto del ejército marchó sobre la aldea. La batalla de los Neches ocurrió a pocos kilómetros al oeste de Tyler, en lo que hoy es el condado de Henderson. Al anochecer, tres tejanos habían muerto y cinco habían resultado heridos; los indios habían perdido dieciocho. Los indios huyeron, y Douglass acampó. La persecución comenzó en la mañana del 16 de julio. Un partido de exploración en virtud de James Carter los Cherokees cerca de las cabeceras del Río Neches en un sitio en el Condado de Van Zandt. Los indios buscaron refugio en una cabaña y los campos de maíz circundantes, pero se vieron obligados a abandonarlos después de que Carter se reforzara con la llegada de Rusk y Burleson. Después de treinta minutos de lucha, los indios fueron forzados al fondo de Neches, donde el Jefe Bowl fue asesinado y varios guerreros se perdieron. Después de los últimos combates cerca de Grand Saline, se estimó que más de 100 indios habían resultado muertos o heridos en los enfrentamientos.
El 21 de julio, los tejanos marcharon hacia la cabecera del río Sabine a lo largo de la ruta tomada por los indios que huían. Numerosas cabañas y campos fueron destruidos esa tarde, y varios pueblos y más de 200 acres de maíz fueron quemados en la mañana del 22 de julio. La destrucción continuó durante la persecución de los indios, que no fue abandonada hasta el 24 de julio. La mayoría de los indios huyeron a tierras cheroqui fuera de la república. Durante el invierno, un pequeño grupo bajo el mando del Jefe Egg y John Bowles, hijo del Jefe Bowl, intentó llegar a México bordeando la franja de los asentamientos blancos. Burleson, en una campaña contra los indios de las Llanuras, interceptó a los cheroquíes y los atacó cerca de la desembocadura del río San Saba el 25 de diciembre de 1839. Egg y Bowles y varios guerreros fueron asesinados, y veintisiete mujeres y niños fueron capturados. Esta fue la última acción importante contra los cheroqui en Texas.