Presentamos el borrador de la secuencia genómica de Fructobacillus tropaeoli CRL 2034, una cepa aislada de higo maduro en la provincia de Tucumán, Argentina. El interés en estudiar el genoma de esta cepa de bacteria de ácido láctico fructófilo fue motivado por su capacidad para producir altos niveles de manitol a partir de fructosa. Este poliol tiene múltiples aplicaciones industriales; sin embargo, se utiliza principalmente como azúcar bajo en calorías en la industria alimentaria. El genoma ensamblado de esta cepa consiste en un cromosoma circular de 1,66 Mbp con 1.465 secuencias codificantes y un contenido de G+C del 44,6%. El análisis de este genoma apoya la reacción de un solo paso de reducción de fructosa a manitol por la enzima manitol 2-deshidrogenasa, que junto con una permeasa de fructosa, se identificaron como involucrados en la síntesis de manitol. Además, se realizó un análisis filogenético que incluyó otros miembros de Leuconostocaceae a los que pertenece el género Fructobacillus; de acuerdo con las secuencias del gen 16S rRNA, la cepa CRL 2034 se ubicó en el clado Fructobacillus. La secuencia genómica actual podría ser útil para dilucidar los procesos reguladores del manitol y otros metabolitos bioactivos y para destacar el potencial biotecnológico de esta cepa Frutobacillus.