Desaparición
El 20 de abril de 1990, Christopher le dijo a sus padres, Jim y Loni, que tenía un fuerte dolor de cabeza y se sentía enfermo, por lo que sus padres lo dejaron quedarse en casa fuera de la escuela. Sus padres pronto se fueron para ocuparse de otros asuntos, dejando a Christopher descansar un poco.
Al regresar a casa más tarde, sin embargo, sus padres se encontraron con una escena confusa. La furgoneta de la familia, una Dodge Caravan de 1988 azul claro, había desaparecido. Entraron en busca de Christopher, sólo para descubrir que él también se había ido. El perro de la familia fue encontrado suelto por la propiedad. Según se informa, una nota manchada en la mesa de la cocina decía:
«Mamá, surgió algo importante + me siento un poco mejor. Regreso a las seis. (Unless I get lost*) Love, Chris»(en inglés).
¿Qué quiso decir exactamente con esto?
*La parte más extraña de la nota era que la palabra «perdido» había sido subrayada dos veces.
A pesar de lo que decía la nota, Christopher no regresó a casa, y no se le ha visto ni escuchado desde entonces.
El día de su desaparición, había retirado 200 dólares de su cuenta de ahorros. La escopeta de su padre, un modelo de 1954-1956 Mossberg calibre 20 de cerrojo con un clip de tres proyectiles, también se descubrió que faltaba de la casa. Curiosamente, a pesar de tomar el arma, Christopher tampoco tomó ninguna de sus municiones. Las autoridades creen que Christopher puede haber abandonado el arma en algún lugar rural de Minnesota; si se descarta, un cazador podría haberla encontrado. Sin embargo, no ha habido nuevas pistas que confirmar. Los investigadores han declarado que desean escuchar a cualquiera que haya encontrado tal escopeta en 1990 en adelante.
Al día siguiente, sus padres recibieron una nota escrita a mano en el correo, con matasellos de Duluth, Minnesota. En la carta, escrita por Christopher, reconoció haber mentido sobre su dolor de cabeza. Explicó que inventó el dolor de cabeza para tener acceso a la Dodge Caravan de la familia para escapar «para que ni siquiera yo sepa dónde.»La nota también incluía una disculpa a su familia.
Christopher es notablemente alérgico a los medicamentos Sulfa. También puede haber tenido pensamientos suicidas que se había guardado para sí mismo, aunque no hay evidencia que sugiera lo último.
Dos días después de su desaparición, la Dodge Caravan de la familia fue localizada. Había sido abandonado en el borde de la carretera en el Condado de Itasca en el norte de Minnesota, cerca del Bosque Estatal George Washington y el Bosque Nacional Chippewa. Se suponía que Christopher había viajado más de 200 millas a Grand Rapids, Minnesota, antes de que aparentemente abandonara el vehículo a unas veinte millas al norte de allí. Si bien no está completamente claro por qué lo abandonó allí, vale la pena señalar que los abuelos de Christopher vivían en Grand Rapids. Al buscar pistas en el vehículo, se encontró otra nota en el interior que explicaba quién era el propietario.
Tras el descubrimiento de la Dodge Caravan, se llevó a cabo una extensa búsqueda, pero finalmente no se encontraron pistas sobre el paradero de Christopher. No está fuera del ámbito de la posibilidad de que Christopher haya viajado fuera de la zona haciendo autostop. Si logró salir de la zona, se desconoce a dónde pudo haber ido desde allí.