Mahoney pertenecía a la Provincia irlandesa de la Orden de los Frailes Menores y pasó parte de 1676 en el Colegio de San Isidoro en Roma, sede de la provincia en el exilio. Al intentar regresar a Irlanda desde el continente donde había sido ordenado sacerdote católico, naufragó y desembarcó en Gales. Fue arrestado en 1678 y encarcelado en Denbigh. Fue juzgado al año siguiente en Ruthin, en el norte de Gales, donde fue condenado y ahorcado.
Las pruebas documentales son escasas. El Museo Británico tiene una copia de una sola hoja titulada Los Últimos Discursos de Tres Sacerdotes que fueron Ejecutados por Religión, Anno Domini 1679, de la que se hace la siguiente transcripción:-
Un relato de las palabras pronunciadas por el Sr. Charles Mahoney, un Sacerdote irlandés de la sagrada Orden de San Francisco, que fue Ejecutado en su Hábito en Ruthin, en Gales del Norte, el 12 de agosto de 1679. Ahora Dios Todopoderoso se complace en que yo sufra el Martirio, alabado sea su Santo Nombre, ya que me tiñe por mi Religión. Pero no tienes Derecho a matarme en este País, aunque me confesé Sacerdote, porque me agarraste cuando iba a mi País Natal, Irlanda, siendo conducido en el Mar en esta Costa, porque nunca usé mi Función en Inglaterra antes de ser llevado, sin embargo, Dios te perdone, como lo hago y siempre rezaré por ti, especialmente por aquellos que fueron tan buenos conmigo en mi angustia, ruego a Dios que bendiga a nuestro Rey, y lo defienda de sus Enemigos, y lo convierta a la Santa Fe Católica, Amén. Su edad era menor de cuarenta años, fue juzgado y Condenado en Denby Confesándose a sí mismo como sacerdote.