het proces van het toepassen van helderheid beeldvorming begint met een postmortem weefselmonster. Vervolgens moet een reeks chemische behandelingen worden toegepast om transparantie te bereiken, waarbij het lipidengehalte van het monster wordt verwijderd, terwijl bijna alle originele eiwitten en nucleïnezuren op hun plaats blijven. Het doel hiervan is om het weefsel transparant te maken en dus vatbaar voor gedetailleerd microscopisch onderzoek van de samenstellende functionele delen (die voornamelijk eiwitten en nucleïnezuren zijn). Om dit te bereiken, moet de reeds bestaande eiwitstructuur in een transparante steiger worden geplaatst die het bewaart, terwijl de lipidecomponenten worden verwijderd. Deze ‘steiger’ bestaat uit hydrogel monomeren zoals acrylamide. De toevoeging van molecules zoals formaldehyde, paraformaldehyde, of glutaaraldehyde kan gehechtheid van de steiger aan de proteã NEN EN nucleã nezuren vergemakkelijken die moeten worden bewaard, en de toevoeging van hitte is noodzakelijk om de daadwerkelijke verbindingen tussen de cellulaire componenten en acrylamide vast te stellen.
na deze stap worden de eiwit-en nucleïnezuurbestanddelen van de cellen van het doelweefsel stevig op hun plaats gehouden, terwijl de lipidebestanddelen los blijven. De lipiden worden dan verwijderd over 1-2 weken van passieve verspreiding in detergent, of versneld door elektroforetische methodes aan slechts uren aan dagen. Als ze passeren, de lipofiele eigenschappen van het wasmiddel in staat stellen om op te nemen en accijnzen eventuele lipiden die langs de weg. Lipophilic kleurstoffen aangezien DiI worden verwijderd, nochtans zijn er duidelijkheid-compatibele lipophilic kleurstoffen die aan naburige proteã nen kunnen worden gefixeerd. De grote meerderheid van niet-lipide moleculen, zoals eiwitten en DNA, blijven onaangetast door deze procedure, dankzij de acrylamidegel en de chemische eigenschappen van de betrokken moleculen.
zoals vermeld in het oorspronkelijke papier, zet het weefsel tijdens dit proces uit, maar kan zo nodig worden hersteld tot zijn oorspronkelijke afmetingen met een laatste incubatiestap in brekingsindex matching oplossing.
in deze fase van het proces is het monster volledig klaargemaakt voor beeldvorming. Het contrast voor weergave kan van endogene fluorescente molecules, van nucleic zuur (DNA of RNA) etiketten, of Van immunostaining komen, waarbij de antilichamen die specifiek aan een bepaalde doelsubstantie binden worden gebruikt. Bovendien worden deze antilichamen geëtiketteerd met fluorescente markeringen die de sleutel tot definitief weergaveresultaat zijn. Standaard confocal, twee-foton, of licht-blad weergavemethodes zijn allen geschikt om dan de fluorescentie te ontdekken die neer aan de schaal van eiwitlokalisatie wordt uitgezonden, aldus resulterend in de definitieve hoogst gedetailleerde en driedimensionale beelden die de duidelijkheid veroorzaakt.
nadat een monster is immunostamed voor een afbeelding, is het mogelijk om de antilichamen te verwijderen en nieuwe toe te passen, waardoor een monster meerdere keren kan worden imaged en zich op meerdere eiwittypes kan richten.