Chickamauga und Chattanooga
In der Zwischenzeit versuchten 60.000 Bundes-Soldaten unter Rosecrans, südöstlich von Zentral-Tennessee gegen das wichtige Eisenbahn- und Industriezentrum der Konföderierten von Chattanooga vorzudringen, das damals von Bragg mit rund 43.000 Soldaten gehalten wurde. In einer Reihe brillant durchdachter Bewegungen manövrierte Rosecrans Bragg aus Chattanooga, ohne eine Schlacht führen zu müssen. Bragg wurde dann von Truppen aus Longstreet Veteran Corps verstärkt, schnell mit der Bahn von Lees Armee in Virginia geschickt. Mit dieser Verstärkung wandte sich Bragg gegen Rosecrans und errang in einer bösartigen zweitägigen Schlacht (19. bis 20. September) am Chickamauga Creek südöstlich von Chattanooga einen der wenigen Siege der Konföderierten im Westen. Bragg verlor 18.454 seiner 66.326 Männer; Rosecrans, 16.170 von 53.919 verlobt. Rosecrans fiel zurück nach Chattanooga, wo er fast von Bragg eingekreist wurde. Bragg war in der Lage, die Vorräte so weit zu drosseln, dass die Unionstruppen verhungerten.
Aber der Erfolg des Südens war nur von kurzer Dauer. Anstatt die Belagerung von Chattanooga zu erzwingen, Bragg schickte Longstreet unklugerweise in einem vergeblichen Versuch, Knoxville einzunehmen, dann von Burnside gehalten werden. Als Rosecrans Anzeichen eines Zerfalls zeigte, ersetzte Lincoln ihn durch Grant, der bis Ende Oktober eine Versorgungsleitung aufbauen und die unter Druck stehende Bundesarmee in Chattanooga stärken konnte, indem er die Überreste der Armee des XI. und XII. Zahlenmäßig unterlegen Bragg jetzt 56.359 bis 46.165, Grant griff am 23. und 25. November an, eroberte Lookout Mountain und Missionary Ridge, besiegte Braggs Armee und trieb sie nach Süden in Richtung Dalton, Georgia. Grant erlitt 5.824 Opfer in Chattanooga und Bragg, 6.667. Das Vertrauen, das von den meisten seiner Top-Generäle in Bragg verloren gegangen war, Davis ersetzte ihn durch Johnston. Beide Armeen blieben bis zum folgenden Frühjahr ruhig.