Der Cherokee-Krieg von 1839 war der Höhepunkt der Reibung zwischen den Cherokee-, Kickapoo- und Shawnee-Indianern und den weißen Siedlern im Nordosten von Texas. Den Indianern, die von den spanischen Behörden die Rechte der Hausbesetzer auf das Land erhalten hatten, wurde von den Spaniern der Titel des Landes versprochen; und am 23. Februar 1836 gab ein Vertrag von Sam Houston und John Forbes, der die provisorische Regierung vertrat, den Cherokees und ihren assoziierten Bands das Land zwischen den Flüssen Angelina und Sabine und nordwestlich der alten San Antonio Road. Der Vertrag wurde am 29. Dezember 1836 vom Senat von Texas vorgelegt und am 16. Dezember 1837 von diesem Gremium für null und nichtig erklärt, obwohl Houston darauf bestand, dass er ratifiziert wurde. Der Córdova-Aufstand im August 1838 veranlasste Thomas Jefferson Rusk, auf die Cherokees zu marschieren, um Vicente Córdova abzufangen; aber Córdova suchte keinen Schutz unter den Cherokees, und Rusk kehrte in die Siedlungen zurück. Am 16.Oktober 1838 verfolgte Rusk mit 230 Soldaten eine Bande von Kickapoos, zerstörte ihr Dorf und tötete elf Krieger, darunter einen abtrünnigen Cherokee. Es gab sporadische Überfälle der Indianer im Herbst 1838 und Frühjahr 1839.
Nach der Entdeckung eines Briefes im Besitz von Manuel Flores im Mai 1839, der Pläne der mexikanischen Regierung aufdeckte, die Indianer gegen die texanischen Siedler anzuwerben, wurde Präsident Mirabeau B. Lamar, unterstützt von der populären Meinung, entschlossen, die osttexanischen Indianer zu vertreiben. Im Juli 1839 erhielt Kelsey H. Douglass das Kommando über etwa 500 Truppen unter Edward Burleson, Willis H. Landrum und Rusk und erhielt den Befehl, die Indianer nach Arkansas zu verlegen. Die Armee lagerte am Council Creek, sechs Meilen südlich des wichtigsten Cherokee-Dorfes Chief Bowl, und entsandte am 12. Juli eine Kommission, um über die Entfernung der Indianer zu verhandeln. Die Indianer stimmten zu, einen Entfernungsvertrag zu unterzeichnen, der ihnen den Gewinn aus ihren Ernten und die Kosten für die Entfernung garantierte. Während der nächsten zwei Tage bestanden sie darauf, dass sie bereit waren zu gehen, weigerten sich aber, den Vertrag zu unterzeichnen, weil sie eine Klausel hatten, die ihnen eine bewaffnete Eskorte aus der Republik geben würde. Am 15. Juli sagten die Kommissare den Indianern, dass die Texaner sofort auf ihr Dorf marschieren würden und dass diejenigen, die bereit sind, den Vertrag zu akzeptieren, eine weiße Flagge zeigen sollten. Landrum wurde über die Neches geschickt, um mögliche Verstärkungen abzuschneiden, und der Rest der Armee marschierte auf das Dorf zu. Die Schlacht der Neches fand einige Meilen westlich von Tyler im heutigen Henderson County statt. Bei Sonnenuntergang waren drei Texaner getötet und fünf verwundet worden; Die Indianer hatten achtzehn verloren. Die Indianer flohen, und Douglass machte Lager. Die Verfolgung wurde am Morgen des 16.Juli begonnen. Eine Pfadfindergruppe unter James Carter engagierte die Cherokees in der Nähe des Oberlaufs des Neches River an einem Standort im Van Zandt County. Die Indianer suchten Schutz in einer Hütte und den umliegenden Maisfeldern, mussten sie jedoch verlassen, nachdem Carter durch die Ankunft von Zwieback und Burleson verstärkt worden war. Nach dreißig Minuten des Kampfes wurden die Indianer zum Neches Bottom gezwungen, wo Chief Bowl getötet wurde und eine Reihe von Kriegern verloren gingen. Nach den letzten Kämpfen in der Nähe von Grand Saline wurden schätzungsweise mehr als 100 Indianer getötet oder verwundet.
Am 21.Juli marschierten die Texaner auf dem Weg der fliehenden Indianer zum Oberlauf des Sabine River. Zahlreiche Hütten und Felder wurden an diesem Nachmittag zerstört, und mehrere Dörfer und mehr als 200 Hektar Mais wurden am Morgen des 22. Juli verbrannt. Die Zerstörung setzte sich während der Verfolgung der Indianer fort, die erst am 24. Die meisten Indianer flohen in Cherokee-Länder außerhalb der Republik. Während des Winters versuchte eine kleine Gruppe unter Chief Egg und John Bowles, Sohn von Chief Bowl, Mexiko zu erreichen, indem sie den Rand weißer Siedlungen umsäumte. Burleson, auf einer Kampagne gegen die Plains Indianer, fing die Cherokees und griff sie in der Nähe der Mündung des San Saba River am 25. Dezember 1839. Egg und Bowles und mehrere Krieger wurden getötet, und siebenundzwanzig Frauen und Kinder wurden gefangen genommen. Dies war die letzte wichtige Aktion gegen die Cherokees in Texas.