Mahoney gehörte zur irischen Provinz des Ordens der Minderbrüder und verbrachte einen Teil des Jahres 1676 am St. Isidor’s College in Rom, dem Hauptsitz der Provinz im Exil. Als er versuchte, von dem Kontinent, auf dem er zum katholischen Priester geweiht worden war, nach Irland zurückzukehren, wurde er schiffbrüchig und landete in Wales. Er wurde 1678 verhaftet und in Denbigh inhaftiert. Im folgenden Jahr wurde er in Ruthin in Nordwales vor Gericht gestellt, wo er verurteilt und gehängt wurde.
Die dokumentarischen Beweise sind spärlich. Das British Museum hat eine Kopie eines einzigen Blattes mit dem Titel The Last Speeches of Three Priests that were Executed for Religion, Anno Domini 1679, aus dem die folgende Abschrift stammt:-
Ein Bericht über die Worte von Herrn Charles Mahoney, einem irischen Priester des heiligen Ordens von St. Francis, der in seiner Gewohnheit in Ruthin in Nordwales am 12. August 1679 hingerichtet wurde. Nun ist Gott, der Allmächtige, erfreut, dass ich das Martyrium erleiden sollte, sein Heiliger Name sei gepriesen, da ich für meine Religion lebe. Aber du hast kein Recht, mich in diesem Land zu töten, obwohl ich mich als Priester bekannt habe, denn du hast mich ergriffen, als ich in mein Heimatland Irland ging und an dieser Küste auf See getrieben wurde, denn ich habe meine Funktion in England nie benutzt, bevor ich genommen wurde, aber Gott vergib dir, wie ich es tue und werde immer für dich beten, besonders für diejenigen, die in meiner Not so gut zu mir waren, ich bete, Gott segne unseren König und verteidige ihn vor seinen Feinden und bekehre ihn zum heiligen katholischen Glauben, Amen. Sein Alter war unter vierzig, Er wurde in Denby versucht und verurteilt, sich als Priester zu bekennen.