Berthold Hatschek (3. April 1854 – 18. Januar 1941) war ein österreichischer Zoologe, der für embryologische und morphologische Untersuchungen von Wirbellosen bekannt war.
Er studierte Zoologie in Wien bei Carl Claus (1835-1899) und in Leipzig bei Rudolf Leuckart (1822-1898). Er promovierte an der Universität Leipzig mit Beiträgen zur Entwicklungsgeschichte der Lepidopteren. Hatschek war stark von den Werken Ernst Haeckels (1834-1919) beeinflusst.
1885 wurde er Professor für Zoologie an der Karlsuniversität in Prag und ab 1896 Professor und Direktor des zweiten zoologischen Instituts an der Universität Wien. Hatschek litt an einer schweren Depression, die seine Arbeit in den letzten Phasen seines Lebens stark beeinträchtigte.
Hatschek ist bekannt für die sogenannte „Trochophortheorie“, in der er das Trochophor als die Larvenform eines hypothetischen Organismus erklärt – das „Trochozoon“ (das in adulter Form einem trochophorähnlichen Rotifer entsprach und der vorgeschlagene gemeinsame Vorfahr fast aller bilateralen metazoischen Lebensformen war).
1888 spaltete er Freys und Leuckarts Coelenterata in drei Phyla auf: Spongiaria, Cnidaria und Ctenophora. Aus seiner Erforschung von Amphioxus leiten sich die anatomischen Begriffe „Hatschek’s pit“ und „Hatschek’s Nephridium“ ab.