u většiny dřevin vznikají klonální kolonie rozsáhlými kořeny, které v intervalech vysílají nové výhonky, nazývané výhonky. Stromy a keře s větvemi, které mohou mít tendenci se ohýbat a spočívat na zemi nebo které mají schopnost vytvářet vzdušné kořeny, mohou tvořit kolonie vrstvením nebo vzdušným zakořeněním, např. Některé vinné révy přirozeně vytvářejí na svých stoncích náhodné kořeny, které se zakoření v půdě, když se stonky dotýkají země, např. U jiných vinic může zakořenění stonku, kde uzly přicházejí do styku s půdou, vytvořit klonální kolonii, např. Kapradiny a mnoho bylinných kvetoucích rostlin často tvoří klonální kolonie prostřednictvím horizontálních podzemních stonků nazývaných oddenky, např. pštrosí kapradina Matteuccia struthiopteris a goldenrod. Řada bylinných kvetoucích rostlin tvoří klonální kolonie prostřednictvím vodorovných povrchových stonků nazývaných stolony nebo běžci; např. jahoda a mnoho trav. Nedřevnaté rostliny s podzemními skladovacími orgány, jako jsou cibule a hlízy, mohou také tvořit kolonie, např. Několik druhů rostlin může tvořit kolonie prostřednictvím náhodných rostlin, které se tvoří na listech, např. Kalanchoe daigremontiana a Tolmiea menziesii. Několik druhů rostlin může tvořit kolonie prostřednictvím nepohlavních semen, nazývaných apomixis, např. pampeliška.