- cMonkey2-파이 포트의 cMonkey biclustering 알고리즘
- Description
- 연락처
- 시스템 요구 사항
- 다른 방법은 할로 박 테 리움을 실행하는 것입니다.2863> bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_organism Halobacterium_NRC_1_uid57769 --rsat_base_url http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat --rsat_features gene --nooperons --use_BSCM example_data/hal/halo_ratios5.tsv
- 패키지 관리자
- 일반
- setup.py 이 문제를 해결하려면 다음 단계를 따르세요./:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:/:
cMonkey2-파이 포트의 cMonkey biclustering 알고리즘
Description
이 Python 의 구현 cMonkey 알고리즘에 기반한 원래 구현 R by David J. 들과 비교하여 현저하게,연구소 시스템에 대한 생물학입니다.2863>
설치 및 실행을 위한 전체 문서 세트는 프로젝트의 깃허브 페이지에 있습니다.
개발자 및 사용자 토론 그룹도 있습니다.
연락처
문제 추적기를 사용하여 모든 버그 또는 기타 문제를보고하십시오. 개발자 또는 사용자 토론 그룹 중 하나에 모든 질문을 직접하시기 바랍니다.설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법:설치 방법: 이 도구를 실행하는 가장 간단한 방법에서 수동으로 밈을 설치해야합니다.):
$ cmonkey2 --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>사용 가능한 옵션을 표시하려면:
bin/cmonkey2.sh --help예제 유기체를 실행하려면:도커 이미지 사용
프리사이트에서는 소스 리포지토리에서 직접 사용할 수 있는 도커 이미지를 만들었습니다.
https://github.com/PreCyte/cMonkey2-docker/
시스템 요구 사항
:
- 개발 및 파이썬 2.7 테스트.엑스 파이썬 3.
- >= 0.9.0
- 누피>= 1.6.0
- 바이오피톤>= 1.63
- 아름다운수프>= 4
- 아르 자형>= 2.14.1
- 2>= 2.2.1
- 밈 4.3.0 또는>=4.8.1(4.12.0 아직 지원되지 않음,현재 작업 중)
,제초기 1.4.2 필요
단위 테스트 실행(선택 사항):
대화형 모니터링 및 시각화 웹 응용 프로그램 실행(선택 사항):
- 일반적으로 미생물 유전발현 비율에 대해
bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>파일이 파일 시스템 또는 웹 사이트에 있을 수 있습니다.
프로그램이 시작된 후 로그 파일이 작성됩니다.로그. 파이썬 기반 모니터링 응용 프로그램 시작
bin/cm2view.sh ]다른 방법은 할로 박 테 리움을 실행하는 것입니다.2863>
bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_organism Halobacterium_NRC_1_uid57769 --rsat_base_url http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat --rsat_features gene --nooperons --use_BSCM example_data/hal/halo_ratios5.tsv<ratios.tsv>파일bin/cmonkey2.sh --organism hsa --string <stringFile> --rsat_organism Homo_sapiens_GRCh37 --rsat_URL http://rsat.sb-roscoff.fr/ --rsat_features protein_coding --nooperons <ratios.tsv>- 유전자 상호 작용 파일을 만드는 성공적인 파이썬 몽키 실행을 위한 단계입니다. 위에서 언급 한 예제 데이터 파일은 10/6/14 주변의 바이오 그리드에서 생성되었습니다.
- 이 있는 거울을 찾습니다.원시 크로 모스 파일 및 기능 파일. 위의 예제에서는 기본 데이터베이스(
)를 사용합니다. 이러한 주석을 달기 위해 우리는’단백질 코딩.이 탭은 다음과 같습니다.탭’. 일반적으로’처리 된_스크립트’와 같은 다른 주석 파일도 잘 작동합니다. - 검색된 업스트림 영역을 조정하고 드노보 모티프가 아닌 티에프 및 미르나 모티프를 검색하도록 코드를 수정할 수 있습니다. 참고:모티프 검색 단계를 수정하는 것은 사소한 일이 아닙니다.
패키지 관리자
일반
배포는 설정 도구 및 휠 형식
- 설정을 사용하여 빌드됩니다.배포
- 변경 로그에서 사용자 관련 변경 내용을 기록하기 전에 배포를 빌드하는 데 필요한 모든 정보가 들어 있습니다.1137>
파이썬 3 빌드 배포
setup.py 이 문제를 해결하려면 다음 단계를 따르세요.
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