환경 문제에 대한 주요 책임은 보건부의 환경 프로그램 부서와 국가 계획 사무소에서,뿐만 아니라 국가 복지부의 생태 자문 사무실과 외교부의 환경부에 귀속됩니다.
칠레의 주요 환경 문제는 삼림 벌채와 그로 인한 토양 침식,공기,물 및 토지의 오염입니다. 산업 및 운송 및 물 오염으로 인한 대기 오염은 지난 30 년 동안 인구가 두 배로 증가한 도심에서 특히 심각합니다. 1996 년 칠레의 산업 이산화탄소 배출량은 총 4,870 만 톤입니다. 처리되지 않은 하수는 국가의 물 품질에 큰 위협이됩니다. 2001 년 현재 칠레는 928 킬로미터의 재생 가능한 물 자원을 보유하고 있습니다. 도시 거주자의 99%가 순수한 식수를 가지고 있지만 농촌 거주자의 58%만이 동일한 물 공급을 할 수 있습니다.
칠레의 멸종 위기에 처한 종으로는 남부 안데스 휴물,툰드라 송골매,푸나 레아,칠레 우드 스타,붉게 머리 거위,녹색 바다 거북 등이 있습니다. 2001 년 현재 총 91 종의 포유류 중 16 종이 멸종 위기에 처한 것으로 간주되었습니다. 296 종의 번식 조류 중 18 종은 멸종 위기에 처했습니다. 또한 4 가지 유형의 민물 고기와 268 종의 식물이 위협 받았다.