골수성 악성 종양에서 20 번 염색체 삭제:공통 삭제 영역의 감소,팩/박 콘티그의 생성 및 후보 유전자의 식별

염색체 밴딩 및 페인팅

골수 장애가있는 107 건의 골수 염색체 준비를 지 밴딩하여 골수성 악성 종양에서 20 번 염색체 염색체 20 의 긴 팔의 삭제 크기를 평가하십시오. 앞서 설명한 바와 같이(나체바 외. 큰 삭제(59 건)로 인해 20 분기(그림 1 에이,상단)에서 김사 어두운 밴드가 모두 손실되고 하나의 김사 어두운 밴드가 남아있는 작은 삭제(48 건)가 발견되었습니다(그림 1 에이,하단). 우리는 다음으로 후자의 환자 그룹에 초점을 맞추 었습니다(표 1 에 요약되어 있음).

염색체 20 페인트를 사용 하 여 물고기 분석 작은 20 분기 삭제와 48 샘플에 수행 되었다. 6 건에서’20 분기 삭제’는 비밀스러운 재배열로 인한 것으로 밝혀졌다. 한 경우,염색체 15 와 20 에 대한 페인트의 동시 적용은 염색체 15 에서 파생 된 마커를 확인했지만 두 개의 정상 염색체 20 동족체를 확인했습니다(그림 1 비). 나머지 5 개의 경우에서 염색체 그림 20 분기 11.2 및 변수 염색체 파트너(그림 1 씨)에서 재발 중단점 불균형 전좌의 존재를 입증 했다. 모든 5 개의 경우에 데르(20)마커 게놈에 유지 하는 유일한 전 위 제품 이었다. 또한,물고기 매핑 염색체 20 에 중단점 20 107 에 근 위 지역에서 발생 했다 고 염색체 20(데이터 표시 되지 않음)의 긴 팔의 나머지의 손실을 확인 했다. 이 결과는 다른 곳에서 자세히보고 될 것입니다.

나머지 42 건에서 염색체 그림은 20 분기의 작은 간질 결실과 일치했습니다(그림 1). 대다수(33 건)는 유일한 핵형 이상으로 20 분기 삭제를 수행했습니다. 나머지 9 개의 경우에서 20 분기 삭제 다양 한 추가 염색체 착오를 동반 했다(표 1). 작은 20 분기 삭제와 모든 42 경우 궤적 특정 프로브와 추가 물고기 매핑을 실시 했다.2068>

작은 20 분기 삭제와 42 환자 중심 팩맨(20)를 사용 하 여 물고기에 의해 분석 되었다,20 분기 원위 지역에 교배 하는 팩맨(20 분기 13)및 20 분기 내 교배 하는 팩맨. 각 환자에서,삭제된 염색체 20 에서 간질 결실의 존재를 확인하는 신호가 관찰되었다(그림 3 에 요약되어 있음). 각 환자로부터의 중이 후,알려진 경계의 경계에서 중이 맵핑과 혼성화되었다.,1998 에이;왕 외., 1998).

37 명의 환자(25 명 또는 25 명,12 명)에서 두 프로브는 삭제 된 염색체 20 에 대한 신호를 생성하지 못했으며,이는 염색체 20 을 수정하는 데 도움이되지 않는 광범위한 결실의 존재를 보여줍니다. 이러한 샘플은 더 이상 조사되지 않았습니다. 그러나,4 명의 환자에서,2 개의 프로브 중 하나가 삭제된 염색체 20 에 신호를 주었고,이들 샘플을 더 상세하게 분석하였다.

궤적 특정 프로브를 사용 하 여 물고기에 의해 분석 된 작은 20 분기 삭제와 42 명의 환자 이외에,추가 6 명의 환자 20 분기 삭제(4 개,2 개,2 개),누구 로부터 골 수 중이 사용할 수 없습니다,마이크로 위성 회로망을 사용 하 여 분석 했다. 다형성 마커의 큰 패널을 사용하여 분석 하였다(표 2). 4 명의 중환자 실증 환자 모두 출판 된 지휘관의 한계를 넘어 확장 된 삭제가있었습니다. 그러나,2 명의 환자들 중 한 명(환자들 중 42 명)에서,결실의 중심 경계는 환자들 중 2 명(그림 2,표 2)을 상당히 감소시켰다.

예비 어류 분석 결과,4 명의 중환자실험군 환자가 중환자실험군/중환자실험군/중환자실험군에서 삭제된 것으로 확인되었다. 각각의 경우에,20 분기 삭제는 조사 된 모든 중기에 존재했다. 에서 세 가지 경우(DB53,DB214 및 MH40),이 20q 삭제되었으로 존재하는 유일한 이상입니다. 21 번 삼염색체 또는 8 번 삼염색체 및 21 번 삼염색체를 포함하는 2 개의 서브클론을 가진 원래의 단독 이상은 20 번 삼염색체 삭제 이외에 또한 존재한다. 이 네 가지 경우는 삭제 경계를 확인하기 위해 추가 궤적 특정 프로브를 사용하여 연구되었습니다.이 경우,환자는 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 수술 후 10 일 이내에 (그림 3),약 400 킬로바이트의 거리. (그림 3)이 팩맨 내에서 근위 삭제 중단점의 존재와 일치 하는 감소 된 신호를 발생 했다. 또한,환자의 결실의 근위 경계는 200 킬로바이트 미만의 거리(그림 3 및 4)사이에 놓여있다. 이 경계의 근위 경계의 큰 세련미를 나타냅니다.

박테리아 클론 콘티그의 요약. 이 그림은 콘티그를 구성하는 팩맨과 박 클론의 대표적인 샘플을 보여줍니다. 시퀀싱에 사용되는 타일링 경로의 일부인 이러한 클론은 일반 형식으로 표시됩니다. MDS/AML CDR 에 걸쳐 2.6Mb 지역 사 dJ620E11 및 dJ196H17 반면 MPD CDR 에서 확장 D20S108 을 D20S481 의 거리는 2.7Mb. 이 경우 두 개의 교차점 사이의 겹침 영역은 크기가 1.7 메가 바이트입니다. 모든 팩스,팩스 및 마커가 표시되는 것은 아닙니다. 전체 지도 중 일부가 표시됩니다. 전체지도는http://webace.sanger.ac.uk/cgi-bin/ace/pic/20ace?name=Chr_20ctg125&클래스=지도에서 볼 수 있습니다

이 경우,환자는 원위 경계선을 상당히 개선 할 수 있습니다. 이 삭제의 원위 경계는 100 킬로바이트 미만의 거리(그림 3 과 4)사이에 있습니다.따라서 이러한 데이터로 인해,이러한 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해,상기 데이터로 인해, 아래에 제시된 박테리아 클론 콘티그는 이 영역의 물리적 크기가 약 2.6 메가바이트임을 보여줍니다.1999 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1 월 1 일,2009 년 1998 년). (그림 4)는 이 팩맨 내의 근위 삭제 중단점의 존재와 일치하는 감소된 신호를 일관되게 발생시켰다(그림 3).

Granulocytes 고 T 세포에서 두 개의 추가적인 환자들을 사용하여 조사 microsatellite PCR(표 2). (그림 2,표 2). 이 환자의 결실의 근위 중단 점은 200 킬로바이트 미만의 거리(그림 3 및 4)입니다.이러한 데이터는 현재 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및 본 연구 및, 1998). 이 지역의 예상 물리적 크기는 2 입니다.7 메가바이트,세균 클론 콘티그의 데이터를 사용하여 아래에 제시. 이 연구는 2009 년 12 월 25 일에 발표되었으며,2009 년 12 월 25 일에 발표되었습니다.우리는 이전에 20 번 염색체의이 영역의 11 메가 바이트 콘티그를 구성했다(벤치 등. 1998 년). 더 자세한 물리적 맵을 생성하기 위해,우리는 지금 연속 팩맨과 혈중 알코올 농도 기반지도를 구성했다. 또한,유전체 라이브러리로의 혼성화에 의해 확인되었다., 1994; 오소에가와 외., 1998). 클론은 제한 지문을 사용하여 겹쳐졌습니다(그레고리 외. 1997)및 컨텐트 매핑을 통해 클론을 콘티그로 그룹화 할 수 있습니다. 이 프로브는 더 많은 라이브러리 심사를 위해 사용되었다. 그런 다음 새로운 팩과 박스는 인접한 맵이 생성 될 때까지 같은 방식으로 콘티그로 합병되었습니다.

박테리아 클론 콘티그는 총 456 개의 박테리아 클론을 포함하고 있으며 그 중 376 개는 팩시밀리이고 80 개는 박시밀리이다. 그 중 202 개의 마커(185 개)와 17 개의 마커(17 개)가 포함되어 있습니다. 이 지문은 1990 년 12 월 15 일에 발표되었습니다.이 지문은 1990 년 12 월 15 일에 발표되었습니다. 콘티그의 추정 크기는 콘티그 내의 상이한 지문 밴드의 총 개수에 3.5 를 곱하여 5 메가바이트로 계산하였다. 물고기 실험에 사용 된 최소 타일링 경로와 팩스를 보여주는 맵의 표현이 그림 4 에 나와 있습니다. 지도의 전체 버전은http://webace.sanger.ac.uk/cgi-bin/ace/pic/20ace?name에서 찾을 수 있습니다.43 개의 고유 서열이 포함되었다. 이 중 34 개의 에스트트는 하이브리드 화에 의해 맵핑되었다(그림 4). 이전에 염색체 20(벤치 등.20)의 영역에 매핑 된 추가 9 개의 심전도가 있습니다. 1998 년;델루카스 외.,1998)에 따라 배치되었습니다 콘티그 에 의해 폭발 정렬 사용 가능한 팩맨 또는 혈중 알코올 농도 게놈 서열과 동부 표준시 서열.

추정 신규 발현 서열을 식별하기 위해,최소 타일링 경로로부터 23 개의 팩맨 클론을 부분적으로 또는 완전히 서열화하였다. 이 클론의 게놈 서열은 닉스 프로그램을 사용하여 분석되었습니다(윌리엄스 외.,1998)성배,젠스칸 및 폭발을 포함한 다수의 유전자 식별 도구를 동시에 관찰 할 수 있습니다. 이전에 매핑되지 않은 8 개의 유전자와 유전자가 확인되었습니다(표 3). 이 중 6 개는 헌병대 지휘관 내에 있고 7 개는 헌병대 지휘관 내에 있습니다. 이러한 8 개의 상 표현된 시퀀스 중 6 선의의 전사 유전자 보다는 처리 된 의사 유전자 또는 게놈 유전자 오염 물질 동부 표준시 데이터베이스 표현 하는 증거를 얻었다. 칼륨 전압 게이트 채널 서브 유닛을 암호화하는 유전자입니다. 이 유전자는 고바야시 유전자로부터 유래된 것으로 밝혀졌다., 1999). 2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 이 세 가지 경우 모두에서 각 엑손의 존재는 성배와 같은 엑손 예측 프로그램에 의해 확인되었습니다. 엑손의 존재는 또한 성배,젠스캔 및 제네파인더에 의해 예측되었다.

최소 기와 경로 내에서 팩의 시퀀스 분석 또한 우리가이 지역에서 알려진 하 고 새로운 유전자의 게놈 구조를 설정할 수 있습니다. 이 유전자는 유전자가 적어도 1.2 메가바이트에 걸쳐 있음을 보여 주었다. 이 유전자는 유전자뿐만 아니라 유전자의 5’부분을 포함합니다. 유전자는 두 개의 추정 대체 최종 엑손과 함께 20 개의 엑손을 포함합니다. 이 유전자는 단일 엑손으로 구성되어 있습니다. 완성 된 서열의 분석은 생거 센터(http://www.sanger.ac.uk/HGP/Humana)에 의해 수행되었으며 이것은http://webace.sanger.ac.uk/cgi-bin/webace?db=acedb20&클래스=유전체 순서에서 볼 수 있습니다.

이 데이터는 6 개의 유전자와 14 개의 유전자와 23 개의 고유 유전자가있는 총 14 개의 유전자의 존재를 확립한다(표 3). 6 개의 유전자와 10 개의 고유 한 유전자가 두 개의 중추 신경계 사이의 겹침 영역에 존재합니다.

발현 프로파일링

골수 증식성 장애,골수이형성 증후군 및 급성 골수성 백혈병은 조종성 줄기세포 구획 내에서 다 능성 세포의 변형으로 인한 것으로 생각된다(보닛 및 딕,1997;크랄로빅스 및 프샬,1998). 또한,20 분기 결실은 골수성 세포와 비 세포(백색 등)를 모두 생성 할 수있는 전구 세포에서 발생할 수 있음을 이전에 보여 주었다., 1994). 이 고려사항은 이 질병에서 활동하지 않는 염색체 20 사분기에 유전자 또는 유전자가 정상적인 조혈 전구 세포에서 표현되기 위하여 확률이 높다는 것을 건의합니다. 따라서 우리는 골 수에서 표현 된 전사 시퀀스의 결정 하 고 긍정적인 세포를 정제.상기 51 개의 전사된 서열을 각각 나타내는 프라이머로 역전사 증폭을 수행하였다(도 5). 각 전사 시퀀스에 대해 적어도 두 개의 독립적 인 실온 회로 증폭이 수행되었습니다. 뇌관은 양성 대조군으로 사용되었다(그림 5). 두 개 이상의 서열이 동일한 전사 된 서열에 해당하면 각 서열에 대해 동일한 결과가 얻어졌습니다.

데이터는 그림 5,표 3 및 4 에 나와 있습니다. 37 표현된 시퀀스 중 20 골 수 단 핵 세포에서 표현 했다. 이 중 16 개는 34 개의 양성 세포에서도 발현되었다. 11 중 20 표본된 시퀀스 골 수 단 핵 세포에서 표현 했다. 이 중 8 개는 34 개의 양성 세포에서도 발현되었다. 16 개의 전사된 서열 중 8 개는 골수 세포에서 발현되었으며,그 중 5 개는 또한 34 개의 양성 세포로 발현되었다. 이 5 개의 전사 된 서열은 따라서 주요 후보 유전자를 나타냅니다. 이 유전자는 유전자뿐만 아니라 유전자뿐만 아니라 유전자로도 알려져 있습니다.