Cn3Dは、生体分子の構造、配列、および配列整列のための可視化ツールです。 例えば、科学者は、既知の疾患変異に対応する結晶構造中の残基、または配列相同体のファミリーから保存された活性部位残基を迅速に見つけることが Cn3dは、関連するタンパク質のグループのどの領域が構造と配列において最も保存されているかを強調するために、構造ベースの配列整列とともに構造-構造整列を表示する。 また、カスタムラベル機能、高品質のOpenGLグラフィックス、および一緒にCn3D文献注釈のための強力なツールを作るファイルのエクスポートの様々なも CN3Dは、通常、NCBIのEntrezシステムのヘルパーアプリケーションとしてWWWブラウザから実行されますが、スタンドアロンアプリケーションとしても使用できます。
バージョン4では、Cn3Dも完全な多重整列エディタになり、シーケンスを他のシーケンスや構造に整列させるためのアルゴリズムが含まれています。 複数の整列を作成したり、注釈を付けたりすることもできるようになりました。 Cn3dは、CDDプロジェクトの主要なアライメントキュレーションツールとして使用されます。