La guerra Cherokee del 1839 fu il culmine dell’attrito tra gli indiani Cherokee, Kickapoo e Shawnee e i coloni bianchi nel nord-est del Texas. Agli indiani, che avevano ottenuto i diritti degli abusivi sulla terra dalle autorità spagnole, fu promesso il titolo alla terra dalla Consultazione; e il 23 febbraio 1836, un trattato stipulato da Sam Houston e John Forbes, che rappresentava il governo provvisorio, diede titolo alle terre tra i fiumi Angelina e Sabine e a nord-ovest della vecchia strada di San Antonio per i Cherokee e le loro bande associate. Il trattato fu presentato dal Senato del Texas il 29 dicembre 1836 e fu dichiarato nullo da quel corpo il 16 dicembre 1837, nonostante l’insistenza di Houston che fosse ratificato. La ribellione di Córdova nell’agosto del 1838 fece marciare Thomas Jefferson Rusk sui Cherokee nel tentativo di intercettare Vicente Córdova; ma Córdova non cercò rifugio tra i Cherokee, e Rusk tornò agli insediamenti. Il 16 ottobre 1838, Rusk, con 230 soldati, inseguì una banda di Kickapoo, distrusse il loro villaggio e uccise undici guerrieri, incluso un Cherokee rinnegato. Ci furono sporadiche incursioni da parte degli indiani durante l’autunno del 1838 e la primavera del 1839.
Dopo la scoperta, nel maggio 1839, di una lettera in possesso di Manuel Flores che esponeva i piani del governo messicano per arruolare gli indiani contro i coloni del Texas, il presidente Mirabeau B. Lamar, sostenuto dall’opinione popolare, decise di espellere gli indiani del Texas orientale. Nel luglio 1839, Kelsey H. Douglass fu messo al comando di circa 500 truppe sotto Edward Burleson, Willis H. Landrum e Rusk, e ricevette l’ordine di rimuovere gli indiani nel territorio dell’Arkansas. L’esercito si accampò a Council Creek, sei miglia a sud del principale villaggio Cherokee di Chief Bowl e inviò una commissione il 12 luglio per negoziare per la rimozione degli indiani. Gli indiani accettarono di firmare un trattato di rimozione che garantiva loro il profitto dai loro raccolti e il costo della rimozione. Durante i due giorni successivi hanno insistito che erano disposti a lasciare, ma ha rifiutato di firmare il trattato a causa di una clausola che avrebbe dato loro una scorta armata fuori della repubblica. Il 15 luglio i commissari dissero agli indiani che i texani avrebbero marciato immediatamente sul loro villaggio e che coloro che erano disposti ad accettare il trattato avrebbero dovuto esporre una bandiera bianca. Landrum fu inviato attraverso i Neches per tagliare eventuali rinforzi, e il resto dell’esercito marciò sul villaggio. La battaglia dei Neches avvenne a poche miglia a ovest di Tyler, in quella che oggi è la contea di Henderson. Al tramonto tre texani erano stati uccisi e cinque feriti; gli indiani avevano perso diciotto. Gli indiani fuggirono e Douglass si accampò. L’inseguimento fu iniziato la mattina del 16 luglio. Un gruppo di scouting sotto James Carter impegnato i Cherokee vicino alle sorgenti del fiume Neches in un sito ora nella contea di Van Zandt. Gli indiani cercarono rifugio in una capanna e nei campi di grano circostanti, ma furono costretti ad abbandonarli dopo che Carter fu rinforzato dall’arrivo di Rusk e Burleson. Dopo trenta minuti di combattimento gli indiani furono costretti al fondo di Neches, dove Chief Bowl fu ucciso e un certo numero di guerrieri furono persi. Dopo gli ultimi combattimenti vicino a Grand Saline, si stima che più di 100 indiani fossero stati uccisi o feriti negli scontri.
Il 21 luglio i texani marciarono verso le sorgenti del fiume Sabine lungo la rotta intrapresa dagli indiani in fuga. Numerose capanne e campi furono distrutti quel pomeriggio, e diversi villaggi e più di 200 acri di mais furono bruciati la mattina del 22 luglio. La distruzione continuò durante la ricerca degli indiani, che non fu abbandonata fino al 24 luglio. La maggior parte degli indiani fuggì nelle terre Cherokee al di fuori della repubblica. Durante l’inverno un piccolo gruppo sotto Chief Egg e John Bowles, figlio di Chief Bowl, tentarono di raggiungere il Messico costeggiando i margini degli insediamenti bianchi. Burleson, durante una campagna contro gli indiani delle Pianure, intercettò i Cherokee e li attaccò vicino alla foce del fiume San Saba il 25 dicembre 1839. Egg e Bowles e diversi guerrieri furono uccisi, e ventisette donne e bambini furono catturati. Questa fu l’ultima azione importante contro i Cherokee in Texas.