François Clouet nacque a Tours, come figlio del pittore di corte Jean Clouet. Jean Clouet era originario dei Paesi Bassi meridionali e probabilmente della zona di Bruxelles. François Clouet studiò sotto suo padre. Ha ereditato il soprannome di suo padre ‘Janet’ ed è indicato come tale in alcune prime fonti e la letteratura più antica.
Il primo riferimento a François Clouet è un documento del dicembre 1541 in cui il re rinuncia a beneficio della tenuta di François suo padre, che aveva escheated alla corona come la proprietà di uno straniero. In questo documento, il giovane Clouet si dice che abbia seguito il padre molto da vicino nella sua arte. Come suo padre, ha ricoperto la carica di sposo della camera e pittore in ordinario al re, e per quanto riguarda lo stipendio, ha iniziato dove suo padre ha lasciato. Molti disegni sono attribuiti a questo artista, spesso senza perfetta certezza. C’è, tuttavia, più da fare che nel caso di suo padre.
Come le lodi di François Clouet sono state cantate da scrittori del giorno, il suo nome è stato conservato con cura da regno a regno, e c’è un’antica e ininterrotta tradizione nell’attribuzione di molti dei suoi quadri. Non vi sono, tuttavia, attestazioni originali delle sue opere, né sono noti documenti che garantiscano le ascrizioni di solito accettate. A lui sono attribuiti i ritratti di Francesco I agli Uffizi e al Louvre, e vari disegni ad essi relativi.
Probabilmente dipinse anche il ritratto di Caterina de ‘ Medici a Versailles e altre opere, e con ogni probabilità un gran numero di disegni a lui attribuiti erano dalla sua mano.
Uno dei suoi più straordinari ritratti di Maria, Regina di Scozia, un disegno di gessetti nella Bibliothèque Nationale, e di carattere simile sono i due ritratti di Carlo IX e quello di Chantilly di Margherita di Francia. Forse il suo capolavoro è il ritratto di Elisabetta d’Austria al Louvre.Questo pezzo ha fatto un’impressione importante su Claude Lévi-Strauss. In particolare ha contribuito a ispirare la sua teoria del modèle réduit, o di opere d’arte come ‘modelli in miniatura’, e altre teorie di opere d’arte, nel suo libro The Savage Mind.
Clouet risiedeva a Parigi in rue de Ste Avoye nel quartiere del Tempio, vicino all’Hotel de Guise, e nel 1568 è noto per essere stato sotto il patronato di Claude Gouffier de Boisy, Seigneur d’Oiron, e sua moglie Claude de Baune. Un altro fatto accertato riguardante François Clouet è che nel 1571 fu convocato all’ufficio della Corte della Zecca, e la sua opinione fu presa sulla somiglianza al re di un ritratto colpito dalla zecca. Preparò la maschera mortuaria di Enrico II, come nel 1547 aveva preso una maschera simile del volto e delle mani di Francesco I, in modo che l’effigie da utilizzare al funerale potrebbe essere preparato dai suoi disegni; e in ciascuna di queste occasioni eseguì il dipinto da utilizzare nelle decorazioni della chiesa e gli stendardi per la grande cerimonia.
Si ritiene che diverse miniature siano opera sua, un ritratto molto notevole è la figura a mezza lunghezza di Enrico II nella collezione di J. Pierpont Morgan. Un altro dei suoi ritratti è quello di François, duc d’Alençon nella collezione Jones al Victoria & Albert Museum. Caterina de Medici descrisse gli sforzi di Maistre Jamet (che usò il nome di suo padre) nel ritratto di Alençon all’ambasciatore a Londra, Mothe Fénélon.Alcune rappresentazioni di membri della famiglia reale che erano nella collezione Hamilton Palace e la vendita Magniac sono di solito attribuiti a lui.
morì il 22 dicembre 1572, poco dopo il massacro di San Bartolomeo, e la sua volontà, ricordare sua sorella e le sue due figlie illegittime, e trattare con la disposizione di una notevole quantità di proprietà, è ancora in esistenza. Le sue figlie in seguito divennero suore.