Mahoney apparteneva alla Provincia irlandese dell’Ordine dei Frati Minori e trascorse parte del 1676 presso il Collegio di Sant’Isidoro a Roma, sede della provincia in esilio. Tentando di tornare in Irlanda dal continente dove era stato ordinato sacerdote cattolico, naufragò e sbarcò in Galles. Fu arrestato nel 1678 e imprigionato a Denbigh. Andò sotto processo l’anno successivo a Ruthin, nel nord del Galles, dove fu condannato e impiccato.
Le prove documentali sono scarse. Il British Museum ha una copia di un unico foglio intitolato The Last Speeches of Three Priests that were Executed for Religion, Anno Domini 1679, da cui è tratta la seguente trascrizione:-
Un resoconto delle parole pronunciate dal signor Charles Mahoney, un sacerdote irlandese del sacro Ordine di San Francesco, che è stato giustiziato nella sua abitudine a Ruthin nel Galles del Nord, il 12 agosto 1679. Ora Dio Onnipotente è contento che io debba subire il Martirio, il suo Santo Nome sia lodato, poiché tingo per la mia Religione. Ma non hai il Diritto di uccidermi in questo Paese, anche se ho confessato a me stesso di essere un Sacerdote, per sequestrare me, mentre stavo andando al mio Paese natale, Irlanda, di essere spinto in Mare in questo tratto di Costa, io non ho mai usato la mia Funzione in Inghilterra prima che mi era preso, tuttavia Dio vi perdoni, come faccio io e sono sempre di pregare per voi, soprattutto per coloro che sono stati così buoni con me nella mia angoscia, prego Dio benedica il nostro Re, e difenderlo dai suoi Nemici, e la conversione di lui, al Santo Catholick Fede, Amen. La sua età era sotto i quaranta, È stato provato e condannato a Denby Confessando se stesso di essere un prete.