a pdgfra-asszociált krónikus eozinofil leukémiát a pdgfra gén mutációi okozzák. Ez az állapot általában olyan genetikai átrendeződések eredményeként következik be, amelyek a PDGFRA gén egy részét egy másik gén egy részével egyesítik. Ritkán a PDGFRA gén egyetlen DNS-építőelemeinek (pontmutációinak) változásai találhatók az ilyen állapotú embereknél. A pdgfra gént érintő genetikai átrendeződések és pontmutációk szomatikus mutációk, amelyek egy személy életében szerzett mutációk, amelyek csak bizonyos sejtekben vannak jelen. A szomatikus mutáció kezdetben egyetlen sejtben fordul elő, amely tovább növekszik és osztódik, és ugyanazon mutációval rendelkező sejtcsoportot hoz létre (klonális populáció).
a pdgfra-hoz társuló krónikus eozinofil leukémia leggyakoribb genetikai rendellenessége a 4.kromoszómából származó genetikai anyag deléciójából származik, amely egyesíti a PDGFRA gén egy részét és a FIP1L1 gén egy részét, létrehozva a FIP1L1-PDGFRA fúziós gént.
a FIP1L1 gén utasításokat ad egy olyan fehérjéhez, amely szerepet játszik a fehérjék (messenger RNS vagy mRNS) előállításának genetikai tervrajzainak kialakításában.
a PDGFRA gén utasításokat ad egy receptorfehérje előállítására, amely bizonyos sejttípusok sejtmembránjában található. A receptorfehérjék specifikus helyekkel rendelkeznek, amelyekbe bizonyos más fehérjék, az úgynevezett ligandumok, kulcsokként illeszkednek a zárakba. Amikor a ligandum kötődik (kötődik), a PDGFRA receptor fehérje be van kapcsolva (aktiválva), ami egy sor fehérje aktiválásához vezet több jelátviteli úton. Ezek a jelátviteli útvonalak számos fontos sejtfolyamatot irányítanak, például a sejtnövekedést és az osztódást (proliferációt) és a sejtek túlélését.
a FIP1L1-PDGFRA fúziós gén (valamint más PDGFRA fúziós gének) utasításokat ad a fúziós fehérje előállítására, amely a normál PDGFRA fehérje funkciójával rendelkezik. A fúziós fehérje azonban nem igényli a ligandumkötés aktiválását. Hasonlóképpen, a pdgfra gén pontmutációi pdgfra fehérjét eredményezhetnek, amely ligandumkötés nélkül aktiválódik. Ennek eredményeként a jelátviteli útvonalak folyamatosan bekapcsolódnak (konstitutív módon aktiválódnak), ami növeli a sejtek proliferációját és túlélését. Amikor a fip1l1-PDGFRA fúziós génmutáció vagy pontmutációk fordulnak elő a pdgfra génben a vérsejt prekurzorokban, az eozinofilek (és esetenként más vérsejtek, például neutrofilek és hízósejtek) növekedése rosszul szabályozott, ami pdgfra-hoz társuló krónikus eozinofil leukémiához vezet. Nem világos, hogy az eozinofileket miért érinti előnyben ez a genetikai változás.