a jaltai konferencia megállapodásainak részeként 1945 októberében népszavazást tartottak Mongóliában az ENSZ égisze alatt, elsöprő többséggel a függetlenség mellett az autonómia felett. A Kínai Köztársaság 1946 januárjában ismerte el Mongóliát, a két ország pedig februárban barátsági szerződést írt alá. 1946 júniusában Mongólia számos sikertelen kérelem közül elsőként csatlakozott az ENSZ-hez. Eközben Mongólia 1949-ben elismerte a Kínai Népköztársaságot, és diplomáciai kapcsolatokat létesített Észak-Koreával (1948), a Kelet-és közép-európai szovjet műholdas országokkal (1950) és Indiával (1955). Mongólia 1961-ben felvételt nyert az ENSZ-be, 1963-ban pedig az Egyesült Királyság lett az első nyugati ország, amely kapcsolatokat létesített Mongóliával.
az 1950-es évek a politikai átmenet és a gazdasági fejlődés ideje volt. Choibalsan 1952-ben halt meg egy moszkvai kórházban, Tsedenbalt pedig elnökké nevezték ki (azaz., a Miniszterek Tanácsának (a végrehajtó hatalom legmagasabb szerve) miniszterelnöke. 1954—ben az MPRP főtitkárát Dashin Damba menesztette, akit az MPRP első titkárának neveztek ki, de 1958—ban Tsedenbal visszavette a párt irányítását-szintén első titkárként -, és ideológiai okokból elbocsátotta Dambát. Az állattenyésztés kollektivizálása az 1950-es években fejeződött be, mivel a pásztorok kötelesek voltak néhány állat kivételével az összes állatot átadni a nagy szövetkezeti gazdaságoknak (negdel). A mongolok és a szovjetek által közösen épített és 1955—ben befejezett transz—Mongol vasút északról délre terjedt el Mongóliában, és a szovjet-Kínai szolidaritás szimbólumaként szolgált, de a szovjet széles vasúti nyomtávval épült, nem pedig a Kínában használt szabványos nyomtávval. 1958-ban Mongólia elkezdett részt venni a Comecon ülésein, 1962-ben csatlakozott ehhez a szervezethez.
Mongólia és Kína 1960-ban barátsági és kölcsönös segítségnyújtási szerződést írt alá, és a két ország barátságosan újraválasztotta a köztük lévő hosszú határt. A Szovjetunió és Kína között a kommunista mozgalom egységéről és vezetéséről kialakult ideológiai vita azonban megrontotta Mongólia kapcsolatait Kínával. Kína élesen bírálta a szovjeteket az 1962. októberi kubai rakétaválság kezeléséért az Egyesült Államokkal, majd két évvel később elvégezte első atombomba-tesztjét-az uralkodó szél radioaktív csapadékot szállított észak felé Mongol területre. 1966 januárjában Mongólia és a Szovjetunió új barátsági, együttműködési és kölcsönös segítségnyújtási szerződést írt alá, amely titkos protokollokat tartalmazott, amelyek lehetővé tették a szovjetek számára, hogy csapatokat, repülőgépeket és rakétákat állomásoztassanak Mongóliában. A kínai-Szovjet kapcsolatok tovább romlottak, miután csapataik összecsaptak a határuk mentén a Ussuri (Wusuli) folyó 1969 márciusában. Eközben Mao Ce-tung kínai vezető elindította a kulturális forradalom (1966-76) néven ismertté vált mozgalmat, amelynek során különösen a belső-mongólia Mongoljai szenvedtek jelentősen.
1949-ben az MPRP elítélte a mongol történelem tanítását, azt állítva, hogy a “burzsoá nacionalista” nézetekkel rendelkezők Dzsingisz kán hódításait és Mongólia “feudális” múltját dicsőítik a párt és a mongol forradalom eredményeinek rovására. Ennek ellenére, amikor Dzsingisz kán születésének 800.évfordulója 1962-ben közeledett, a párt úgy döntött, hogy ünnepségeket szervez annak tiszteletére, amelyek magukban foglalják egy új emlékmű leleplezését, beszédek tartását és egy sor emlékbélyeg kiadását. Azonban a szovjet kritikák nyomán, amelyek Dzsingiszt “reakciósnak” bélyegezték, akinek “tatár-Mongol igája” elpusztította Oroszországot, Mongólia gyorsan lemondta az ünnepségeket és visszavonta a bélyegeket. Ezt követte Dzsingisz kán új mprp-értékelése, amely szintén reakciósnak tartotta, és amely csak a Mongol törzsek egyesítésének tulajdonította. Az ettől való bármilyen eltérést a nacionalizmus nem kívánt előmozdításának tekintették, és nem tolerálták. Ez a politika gyakorlatilag elfojtott minden vitát Dzsingisz kánról és a Mongol nacionalizmusról a következő 40 évben.
Mongólia és Kína közötti feszültségek az 1970-es években fokozódtak. Mongólia azzal vádolta Kínát, hogy Mongóliát akarja annektálni, és ürügyként a mongol területre vonatkozó területi követeléseihez, hogy Dzsingisz Kánt Jüan-dinasztia császárává támogassa. Kína a saját 800. évfordulójának ünnepségén azzal védekezett, hogy bírálta a Szovjetuniót, amiért “megszállta” Mongóliát azáltal, hogy csapatokat és katonai felszereléseket állomásoztatott ott. 1978 áprilisában Kína felszólította a szovjet kivonulást Mongóliából, Tsedenbal miniszterelnök pedig azonnal meglátogatta a Mongóliában állomásozó szovjet hadsereg egységét, hogy megköszönje az ország védelmét a kínai “fenyegetéssel szemben”. Mongólia 1979 elején kezdte el kiutasítani a kínai bevándorlókat, “expanziós összeesküvésekkel” vádolva őket, ami tovább súlyosbította a két ország közötti bizalmatlanságot. Az 1980-as évek közepén jelentősen enyhült a feszültség a térségben, amikor a szovjet és mongol vezetők lépéseket tettek a Kínával való kapcsolatok normalizálására. Mongólia és Kína között 1986-ban helyreállították a diplomáciai kapcsolatokat.