abban az időben, két római tábornokok harcoltak, hogy a vezetők a Római Köztársaság. Ők voltak Pompeius és Julius Caesar. Julius Caesar legyőzte Pompeiust a Pharsalus csata Görögországban, KR.E. 48-ban. Pompeius Pharsalus elől Egyiptomba menekült, és Ptolemaiosz parancsára meggyilkolták.
Ptolemaiosz és támogatói úgy gondolták, hogy Caesar elégedett lesz, de ez nagy hiba volt. Caesar kegyelmet adott az ellene harcoló szenátoroknak. Célja az volt, hogy megalapozza a békét Rómában. Pompeius meggyilkolása keresztezte Caesar terveit. Pompeius római consul volt, Caesar egyetlen lányának, Juliának az özvegye. Ami még rosszabb, Pompeiust lefejezték ötödik felesége és gyermekei előtt, akik azon a hajón voltak, ahonnan éppen kiszállt. Ez biztosította, hogy Pompeius hatalmas családja és támogatói soha ne felejtsék el, és mindig Caesar ellenségei legyenek. Végül feleségül vette mindkét testvérüket.
ezután Caesar megérkezett Alexandriába, Egyiptom fővárosába. Gazdaságilag Egyiptom kenyérkosár volt, amely táplálni tudta Róma népét. Kleopátra a maga egyedülálló módon fogadta Caesart. Lefeküdt egy szőnyegre. Aztán szolgái feltekerték a szőnyeget, benne Kleopátrával. Aztán a szőnyeget a palotába vitték, ahol Caesar tartózkodott. Az őrök láttak néhány embert, akik szőnyeget cipeltek, és nem állították meg őket. A szőnyeget Caesarhoz vitték. Aztán Kleopátra kijött a szőnyegből. Caesar beleszeretett, és szeretők lettek. Abban az időben Kleopátra 21 éves volt, Caesar pedig 52 éves.
Caesar úgy döntött, hogy Kleopátrát ismét királynővé teszi. Ptolemaiosznak ez nem tetszett. Sok harc volt, de Caesar nyert. Ptolemaiosz megpróbált elmenekülni, de beleesett a Nílusba és megfulladt. Egy másik fiatalabb testvér lett király, de Kleopátra ismét Egyiptom igazi vezetője volt. Kleopátra nem vette feleségül Julius Caesart, de volt egy fiuk. Caesarionnak hívták.
nem sokkal Caesarion születése után Caesart meggyilkolták, amikor a Római szenátushoz sétált. Kleopátra és kísérete Rómában volt, amikor Caesart meggyilkolták 15 Március 44-én. Kleopátra visszatért Egyiptomba.