a Cn3D egy vizualizációs eszköz biomolekuláris struktúrák, szekvenciák és szekvenciaillesztések számára. Ami megkülönbözteti a Cn3D-t más szoftverektől, az a képessége, hogy korrelálja a szerkezet és a szekvencia információkat: például egy tudós gyorsan megtalálhatja a kristályszerkezetben lévő maradványokat, amelyek megfelelnek az ismert betegségmutációknak, vagy konzervált aktív helymaradványokat a szekvencia homológok családjából. A Cn3D megjeleníti a szerkezet-szerkezet összehangolásokat a szerkezet – alapú szekvenciaigazításokkal együtt, hogy hangsúlyozza, hogy a rokon fehérjék csoportjának mely régiói vannak a leginkább konzerválva szerkezetben és szekvenciában. Ide tartoznak az egyedi címkézési funkciók, a kiváló minőségű OpenGL grafika, valamint a különféle fájlexportok, amelyek együttesen a Cn3D-t az irodalmi megjegyzések hatékony eszközévé teszik. A Cn3D általában egy WWW böngészőből fut, mint segítő alkalmazás az NCBI Entrez rendszeréhez, de önálló alkalmazásként is használható.
a 4-es verzióval a Cn3D most már egy teljes többszörös igazítási szerkesztő is, és algoritmusokat tartalmaz a szekvenciák más szekvenciákhoz és struktúrákhoz való igazítására. Most már létrehozhat, sőt jegyzetekkel több nyomvonalakat. A Cn3D a CDD projekt elsődleges igazítási kurációs eszköze.